沈笑 韩旭 李先锋 詹启敏 童彤

    1.国家癌症中心北京协和医学院中国医学科学院肿瘤医院，北京100021；

    2.中国科学院北京生命科学研究；，北京100101

    人食管鳞癌中CCNYL1启动子区甲基化研究

    沈笑1韩旭1李先锋2詹启敏1童彤1

    1.国家癌症中心北京协和医学院中国医学科学院肿瘤医院，北京100021；

    2.中国科学院北京生命科学研究；，北京100101

    目的筛选在食管鳞状细胞癌(ESCC)发病过程中异常甲基化基因，为治疗提供潜在靶咖。方法采用简化的、具有代表性的DNA甲基化测序(RRBS)及基因表达谱芯片分析7例ESCC患者癌组织及其癌旁DNA甲基化水平和mRNA表达水平。将甲基化差异基因及表达差异基因用DAVID工具进行功能富集分析，筛出甲基化与表达负相关基因。对候选基因进行硫化测序PCR(BSP)验证获得DMR序列，采用QUMA分析软件对17对癌和癌旁甲基化差异测序结果进行分析，并对其DMR单个CpG位咖的甲基化水平进行统计学分析。最后采用实时定量PCR(RT-PCR)检测候选基因表达水平。结果RRBS测序得到癌和癌旁差异甲基化区基因共5268个，其中689个差异甲基化区位于Promoter及CDS上。这些富集得到15条显著信号通路，包括Notch信号通路、Wnt信号通路及黏着斑信号通路等肿瘤中常见信号通路。结合7例ESCC组织表达谱芯片，筛选出启动子区高甲基化且表达降低基因Cyclin Y-like 1(CCNYL1)，在17对ESCC组织中用BSP验证，CCNYL1基因DMR处CpG位咖13、CpG位咖16、CpG位咖17、CpG位咖18和CpG位咖19呈现高甲基化。此外，在10对冰冻ESCC组织中进行RT-PCR检测，结果与RRBS测序和表达谱芯片一致，在ESCC中CCNYL1基因启动子区甲基化水平整体高于癌旁组织，并且表达水平低于癌旁组织。结论CCNYL1基因甲基化水平可能作为ESCC生物标志物。

    DNA甲基化；差异甲基化区；食管鳞状细胞癌；CCNYL1

    癌症的发生发展是一个很复杂的过程，受遗传、环境等多因素影响，其中表观遗传修饰改变如DNA甲基化在癌症的发生发展中起着重要作用[1-2]。食管癌作为常见的恶性肿瘤之一，根据病因学和病理学特征，可分为两种类型：食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma，ESCC)和食管腺癌(esophageal adenocarcinoma，EAC)[3]。据世界卫生组织统计 ......