急性心肌梗死后心室重构相关基因的生物信息学分析
牛小伟 张晶晶 彭瑜 白明 张钲[摘要] 目的 通过生物信息学分析探讨急性心肌梗死后心室重构的相关基因及功能。 方法 分析基因表达数据库中与心梗后心室重构有关的数据集。 结果 在GSE47495数据集中共筛选出611个差异表达基因(DEG)。在基因本体论分析中对DEG按照生物途径、分子功能、细胞定位注释。对DEG涉及的信号通路进行Pathway分析。蛋白与蛋白互相作用网络确定的核心基因有:酰基辅酶A氧化酶1(Acox1)、膜联蛋白A1(Anxa1)、凝血因子XⅢ A1链(F13a1)。药物筛选结果表明棕榈油、姜黄素可能调节这些基因。 结论 在心肌梗死后心室重构的发生过程中,出现表达变化的基因功能主要集中在代谢、细胞外基质、炎症、凝血方面,其中Acox1、Anxa1、F13a1可能发挥着重要作用,棕榈油、姜黄素可能调节这些基因,发挥改善心室重构的作用。
[关键词] 急性心肌梗死;心室重构;基因;生物信息学
[中图分类号] R54 [文献标识码] A [文章编号] 1673-7210(2017)10(c)-0030-04
Analyzing gene expression profiles in ventricular remodeling after myocardial infarction via bioinformatics methods
NIU Xiaowei1,2 ZHANG Jingjing3 PENG Yu2,4 BAI Ming2,4 ZHANG Zheng2,4
1.The First Clinical Medical College, Lanzhou University, Gansu Province, Lanzhou 730000, China; 2.Gansu Key Laboratory of cardiovascular disease, Gansu Province, Lanzhou 730000, China; 3.Baiyin Second People′s Hospital, Gansu Province, Baiyin 730900, China; 4.The Heart Center, the First Hospital of Lanzhou University, Gansu Province, Lanzhou 730000, China
[Abstract] Objective To identify the molecular mechanisms underlying ventricular remodeling after myocardial infarction using bioinformatics methods. Methods Microarray data about ventricular remodeling after myocardial infarction were searched from GEO database. Results The array data of GSE47495 were obtained. A total of 611 DEG were identified. Gene ontology analysis showed that the DEG significantly enriched in biological processes ......
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