赵飞 原志庆

    [摘要] 目的 筛选食管鳞癌的关键基因，为肿瘤的发病机制研究提供新的思路。 方法 检索GEO数据库中食管鳞癌基因表达芯片，分析差异表达基因并获得共同差异基因;利用在线数据库DAVID进行GO和KEGG通路富集分析;通过String数据库和Cytoscape软件分析获取链接度最高的10个关键基因，并在TCGA数据库中验证。结果 共筛选出204个差异表达基因。GO分析显示其生物学过程富集在细胞分裂、细胞器断裂和细胞周期等163个条目中;细胞学组分富集在细胞外、细胞质和细胞器腔内等48个条目中;分子功能富集在调控肽酶活性、与细胞外基质结合等46个条目中。KEGG通路富集在局部黏附、p53信号通路、错配修复等12个条目中。筛选出10个链接度最高的Hub基因，且通过TCGA数据库验证其全部在食管鳞癌组织中高表达(P 2且P 2且P < 0.01的差异表达基因。见表2、图1。

    表2 ? 食管鳞癌基因表达谱芯片数据集DEGs分析结果(个)

    2.3 共同差异表达基因

    对三组数据集差异表达基因进行Venn交集[13]，共获得204个共同差异表达基因，其中上调的167个，下调的37个 ......