基于网络药理学和分子对接技术探讨参附汤治疗心肌梗死的活性成分及靶点
残基,1资料与方法,1筛选参附汤活性成分及靶点,2绘制“活性成分-靶点”网络,3筛选心肌梗死靶点,4构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,5分析靶点基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百
刘甜甜 姚魁武1.中国中医科学院广安门医院心血管科,北京 100053;2.北京中医药大学东方医院药剂科,北京 100078
心肌梗死是临床常见疾病,近年来发病率逐年升 高,并趋于年轻化。现代治疗心肌梗死的方法除药物治疗、介入治疗、心脏辅助装置和心脏移植外,中医药疗法因在预防介入术后再狭窄、防治再灌注后无复流、改善患者临床症状、提高生活质量、增加活动耐量和改善患者远期预后等优势,已逐渐成为临床治疗心肌梗死的重要手段。中医认为心肌梗死属“胸痹”“心痛”“心悸”等病证范畴,指出心肌梗死的基本病机是阳微阴弦、心阳不振、瘀血滞脉。参附汤源自《圣济总录》卷五十九,该方主要由人参、附子组成,具有回阳益气、救脱之功效。临床常用其单方或合方防治心力衰竭,心绞痛和阿霉素导致的心脏毒性等[1-5]。关于参附汤治疗心肌梗死的作用机制还未见报道,本研究旨在应用网络药理学及分子对接构建参附汤治疗心肌梗死的“药物-活性成分-靶点-通路”关联网络和关键成分-核心靶点的结合位点,从中医整体观探索参附汤治疗心肌梗死的作用机制。
1 资料与方法
1.1 筛选参附汤活性成分及靶点
采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)依次搜索参附汤中人参、附子的活性成分,设置筛选参数为口服生物利用度(OB)>30%且类药性(DL)>0.18,选出参附汤活性成分[6]。采用TCMSP 数据库获得人参、附子活性成分的靶点蛋白,采用Uniprot 数据库(https://www.uniprot.org/)和String 平 台(https://string-db.org/cgi/input.pl)将蛋白名转为基因名。
1.2 绘制“活性成分-靶点”网络
采用Cytoscape 3.7.2 软件绘制“活性成分-靶点”网络图,使用网络拓扑结构分析,计算出自由度(degree),挑选主要活性成分[7]。
1.3 筛选心肌梗死靶点
GeneCards 是人类基因信息收录最全面的数据库,在GeneCards 数据库(https://www.genecards.org)中输入关键词“myocardial infarction” ......
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