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编号:508904
基于生物信息学方法鉴别骨关节炎自噬的关键基因和途径
http://www.100md.com 2021年10月29日 中国医药导报 2021年第25期
滑膜,磷酸化,软骨,1材料和方法,1数据来源,2差异表达基因筛选,3OA自噬基因的筛选,4GO和KEGG富集分析,5蛋白质-蛋白质相互作用(proteinproteininteraction,PPI)网络构建
     袁长深 容伟明 李 哲 官岩兵 梅其杰 段 戡

    1.广西中医药大学第一附属医院骨三科,广西南宁 530023;2.广西中医药大学研究生院,广西南宁 530000

    骨关节炎(osteoarthritis,OA)是一种伴随结构改变的关节疼痛综合征,是最常见的关节疾病。目前其发病机制不明确,缺乏有效手段逆转该病的进程[1],其导致的关节疼痛、残疾问题较为突出,加之该病容易丧失劳动力,故将其防治作为区域卫生政策的优先事项对待,甚至建议通过修订有关OA 临床和公共政策加以重视[2]。

    软骨细胞死亡/存活在OA 发病中起着关键作用。在OA 的软骨细胞中,自噬相关标志物的表达显著降低,表明自噬可能是OA 重要的发病机制[3],甚至决定OA 的命运[4]。自噬虽不是细胞死亡的方式,但可通过清除受损和功能失调的细胞器和大分子,维持OA软骨内环境的稳定。通过增强体内自噬平衡机制,可作为延缓关节衰老和降低OA 风险的一种新途径[5]。

    目前关于OA 自噬的研究仍处于早期阶段,利用生物信息学方法挖掘自噬参与OA 发生、发展的重要基因及通路,可从一个新角度更好地阐明OA 发病机制,也为开发新药提供可靠的理论依据。

    1 材料和方法

    1.1 数据来源

    通过美国国立生物技术信息中心建立的GEO 数据库中的GEO DataSets 检索窗口,以“Osteoarthritis”为检索词,同时限制条目类型为DataSets、研究的类型为Expression profiling by array、种属类型为homo sapiens 和公开日期为2010 年1 月1 日至2020 年1 月1 日,基于GPL96 平台,最终筛选得到基因微阵列数据集(GSE55457);该数据集包含10 例正常和10 例OA 关节的滑膜组织,将其分别作为对照组和实验组。

    1.2 差异表达基因筛选

    使用R 软件limma 包对20 例样品(对照组和实验组)的表达矩阵进行校正和分位数归一化 ......

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