基于WGCNA 和分子对接分析干姜黄芩黄连人参汤干预胃腺癌的成分及靶点
细胞周期,1材料与方法,1筛选药物活性成分,2药物作用靶点预测,3基因表达数据处理,4WGCNA,5GO及KEGG富集分析,6核心靶点的筛选,7成分-靶点分子对接,2结果,1药物活性成分
孙 倩 杨美子 栾继昕 李 森 张 帆1.山东省聊城市人民医院临床药学科,山东聊城 252000;2.滨州医学院药理学教研室,山东烟台 264003;3.山东第一医科大学研究生院,山东泰安 271000;4.山东省聊城市人民医院内分泌科,山东聊城 252000
胃腺癌是胃癌最常见的病理分型,其复发转移率高[1-2]。目前中医药在预防胃腺癌复发转移方面受到越来越广泛的关注[3]。干姜黄芩黄连人参汤中的药物包括干姜、人参、黄连和黄芩,研究表明,这四种成分具有较强的抗肿瘤功效[4-7],但该药物抗胃腺癌的机制仍未明确。加权基因共表达网络分析(weighted gene coexpression network analysis,WGCNA)可以探索基因网络与疾病性状的关系[8]。本研究通过网络药理学的方法筛选出药物中的活性成分,利用WGCNA 和网络拓扑学分析筛选与胃腺癌风险等级相关的关键靶点,运用分子对接技术进行半柔性对接,反向验证药材化合物与关键靶点之间的相互作用,以探究药物抗胃腺癌的作用机制。
1 材料与方法
1.1 筛选药物活性成分
采用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP),检索获得已知化学成分,筛选标准为类药性(drug likeness,DL)≥0.18 并且口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%,利用TCMSP 数据库收集已知药物化学成分的预测靶点。
1.2 药物作用靶点预测
检索GenCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库得到与胃腺癌相关的作用靶点 ......
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