基于生物信息学分析UBE2C、TTK和CP 对卵巢癌预后的影响
细胞周期,途径,1材料与方法,1基因表达谱数据,2微阵列数据集的综合分析,3功能和途径富集分析,4PPI网络构建和模块筛选,5中枢基因的生存分析,6hub基因表达水平分析,2结果,2富集分析,3P
马惠涵 秘嘉庆 秦 倩 马梅杰 冯勤梅1.山西医科大学第五临床医学院,山西太原 030001;2.山西医科大学附属人民医院妇科,山西太原 030012
卵巢癌是妇科癌症中导致女性死亡的主要原因。晚期卵巢癌患者5 年生存率不到20%,且多数患者会在18 个月的中位无进展生存期复发[1-2]。
转录异常的基因可作为癌症的预后标志物,在临床试验中进行新药研发和指导治疗[3]。Leoutsakou等[4]使用半定量RT-PCR 方法发现SRA1 基因在卵巢肿瘤组织中高表达,Dong 等[5]将胰岛素样生长因子2确定为卵巢癌与卵巢组织的差异表达基因,Fu 等[6]通过蛋白质组学和转录组分析发现UTP23 的低表达促进了卵巢癌细胞对紫杉醇的耐药性,但因不稳定性和非适用性,目前尚鲜见报道可指导临床的生物标志物。
本研究从NCBI 基因表达综合数据库下载数据集,利用R 软件识别卵巢癌与正常对照间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),并进行功能富集分析。此外,建立DEG 和关键模块的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络并进行模块分析、生存分析及相关性分析,最终发现3 个与卵巢癌预后相关的重要基因。
1 材料与方法
1.1 基因表达谱数据
基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)由美国国立生物技术信息中心创建,保存高通量功能基因组学数据。4 个数据集均出于此且已发表相关文献 ......
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