铁死亡基因及相关长链非编码RNA在肝细胞癌发生与预后中的作用
检查点,肝癌,1资料与方法,1一般资料,2铁死亡基因功能富集分析,3铁死亡相关lncRNA筛选,4预后相关铁死亡lncRNA筛选,5构建肝癌预后模型,6低风险组与高风险组的免疫差异,2结果,1铁死亡
姚元谦 吕建林 柳琳琳 王光耀1.广西中医药大学研究生院,广西南宁 530001;2.广西中医药大学第一附属医院肝病科,广西南宁 530023
肝细胞癌目前仍是全球致死性恶性肿瘤的主要类型之一[1]。手术治疗是肝癌患者早期有效治疗手段,可惜大部分患者确诊时已是中晚期,尽管近年来开发了多种晚期肝癌的新疗法,但仍达不到临床所需疗效[2-3]。铁死亡主要由铁介导的氧化损伤、过度脂质氧化和细胞膜损伤驱动[4],诱导肿瘤细胞铁死亡在各种癌症治疗中具有重要作用[5]。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)起初被认为是基因组转录的“噪音”,而近年积累的证据表明,lncRNA 的异常表达与肿瘤的发展及预后密切相关[6]。本研究运用生物信息学,构建基于铁死亡相关lncRNA 的肝癌预后模型,希望能为打破肝癌治疗困境提供新视角。
1 资料与方法
1.1 一般资料
从TCGA 数据库下载肝细胞癌的转录组数据,共424 个样本。从FerrDb 数据库获取246 个与肝癌相关的铁死亡基因。
1.2 铁死亡基因功能富集分析
运用R 软件进行差异分析,并以|logFC|>1、FDR<0.05 为过滤条件,筛选出差异表达基因,进行基因集(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)、GO、KEGG 富集分析 ......
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