基于GSEA 分析FoxM1 表达变化对人肝内胆管细胞癌增殖及侵袭相关信号通路的影响
表型,机制,1材料与方法,1数据收集,筛选及GSEA分析,2Rt-PCR检测ICC细胞系中FoxM1及P53mRNA的表达,3统计学方法,2结果,1FoxM1表达对ICC信号
刘凌云 毛 涵 黄培露 陈书乐桂林医学院附属医院肝胆胰外科,广西桂林 541001
肝内胆管细胞癌(intrahepatic cholangiocarcinoma,ICC)是一种高度恶性胆道肿瘤,预后极差[1-2],其发病机制涉及基因突变、信号通路失调及表观遗传改变等多个方面[3-4]。深入研究ICC 信号通路的功能及机制,有利于揭示其疾病进展机制。叉头盒蛋白M1(FoxM1)是调节细胞增殖和凋亡的重要转录因子[5],在多种实体瘤中高表达并可促进肿瘤形成、侵袭和转移[6-7]。笔者前期研究也证实FoxM1 促进ICC 增殖及侵袭[8],然而,FoxM1 表达变化对ICC 增殖及侵袭相关通路的影响及机制尚未清楚。
基因芯片RNA 数据库数据挖掘是当前研究热点之一。基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)能在RNA 水平层次挖掘影响相关疾病的基因信号通路,从而为具体基础实验提供直接证据[9]。
本研究先通过GSEA 分析寻找ICC 中FoxM1 mRNA 高、低表达组之间可能存在的差异表达基因及相关信号通路,再在前期相关实验已经建立的FoxM1高、低表达ICC 细胞系中[8]验证相关重要信号通路,从而初步证实其是否参与了FoxM1 调控ICC 增殖及侵袭等恶性表型。
1 材料与方法
1.1 数据收集、筛选及GSEA 分析
从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas ......
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