黄转青 孙 琦 杨 森 李渊源 石浩源 张 莹 龚 辉 徐风华

    1.解放军总医院医疗保障中心药剂科药学基础研究室，北京 100853；2.解放军医学院，北京 100853

    截至2019 年底，全球27 个国家共报道中东呼吸综合征(middle east respiratory syndrome，MERS)患者2 260 例，其中803 例死亡，死亡率高达35.5%[1]。MERS 冠状病毒(middle east respiratory syndrome coro navirus，MERS-CoV)是一种单股正链RNA 病毒，其4种主要结构蛋白分别是刺突蛋白(spike glycoprotein，S)、膜蛋白(membrane glycoprotein，M)、包膜蛋白(envelope protein，E)与核衣壳蛋白(nucleocapsid phospho-protein，N)。其中N、E、M 蛋白参与组装病毒粒子，S蛋白是参与病毒附着和进入宿主细胞的主要免疫性抗原[2]。MERS 具有流行潜力大、病死率高等特点，但暂时没有特异性治疗方法[3]，因此迫切需要相应的疫苗和抗病毒策略来应对MERS-CoV 的感染和流行。国内外关于MERS-CoV 的表位预测，大部分针对S蛋白，但缺少对候选表位致敏性或毒性评估[4-5]。为了更深入地对MERS-CoV 致病的S 蛋白进行分析，本研究采用多种生物信息学方法来筛选T/B 细胞抗原表位，以期对设计安全有效的多肽疫苗提供参考。

    1 材料与方法

    1.1 蛋白序列下载及系统发育树分析

    从美国国家生物技术信息中心以FASTA 序列格式下载首例输入中国的MERS 患者分离株S 蛋白(AKL59401.1)氨基酸序列[6]，并使用从不同国家鉴定的各种MERS-CoV 分离株获得的所有S 蛋白序列在MEGA11 中进行多序列比对并构建了系统发育树[7] ......