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编号:506400
基于生物信息学方法的骨肉瘤预后相关甲基化调控差异表达基因筛选
http://www.100md.com 2023年10月28日 中国医药导报 2023年第25期
特异性,通路,1资料与方法,1数据资料,2OS患者DEGs及甲基化DEGs筛选,3甲基化DEGs的GO及KEGG富集分析,4蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteractio
     戴 易 张志敏 岳 星 青恒臻 袁长深 段 戡 郑杭彬

    1.广西中医药大学研究生院,广西南宁 530022;2.广西中医药大学第一附属医院骨科,广西南宁 530023;3.联勤保障部队第九一〇医院重症监护病房,福建泉州 362000

    骨肉瘤(osteosarcoma,OS)是一种间充质细胞源性恶性肿瘤,常见于儿童和青少年[1]。OS 好发于股骨远端、胫骨和肱骨的近端[2],患者常表现为疼痛、肿胀,甚者伴病理性骨折[1]。25%的OS 患者伴有癌细胞转移,其中最常见转移是肺部,其次是骨骼远端[2-3]。目前,OS 无转移患者5 年无事件生存率(event-free survival,EFS)约为70%,而转移患者仅为30%[4]。OS 的治疗措施主要包括化疗和手术[5],研究表明,化疗联合手术可显著提高OS 生存率,然而,转移性OS 预后生存较差,在治疗中存在药物副作用[6]。

    表观遗传是指所有独立于DNA 序列基因表达的调控机制,其主要过程为ATP 依赖型染色质重塑、非编码RNA 调控、组蛋白修饰、DNA 甲基化[7]。其中DNA 甲基化是指在其转移酶调控下,CpG 序列5-胞嘧啶选择性添加甲基基团从而形成5-甲基胞嘧啶的共价化学修饰过程[8-9]。DNA 甲基化能改变染色体结构、DNA 构象、DNA 稳定性及蛋白质与DNA 相互作用方式,从而调控基因表达[10-11]。近年来研究表明,DNA 甲基化可能是各种恶性肿瘤潜在预后靶标[4]。在癌细胞中,肿瘤抑制基因启动子区域高甲基化可以导致细胞异常增殖,从而引发癌症[6]。此外,异常DNA 甲基化也与神经、免疫系统疾病、动脉粥样硬化和骨质疏松有关[12]。本研究筛选OS 患者异常甲基化差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),目的是阐明DNA 甲基化在OS 进展中的作用,以期为治疗OS 提供新靶标。

    1 资料与方法

    1.1 数据资料

    在基因表达综合数据库中检索得到芯片GSE36001和GSE36002 ......

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