染色质调节因子相关的lncRNA肾透明细胞癌预后模型的构建和验证
检查点,因素,差异,1资料与方法,1数据的获取与处理,2差异表达基因及相关lncRNA的筛选,3预后模型的构建,4预后模型的评估,5预后模型与免疫微环境的关系,6统计学方法,2结果,1CR和ln
肖智良 董 洋 史振铎 韩从辉▲1.江苏大学医学院,江苏镇江 212000;2.江苏省徐州市中心医院泌尿外科,江苏徐州 221000
在肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)亚型中,肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)占主导地位,约占总数的75%,而且过去几年全球范围内其患病率明显增加,尤其是60~70 岁男性[1]。尽管近年来程序性死亡-1/程序性死亡配体1 等免疫检查点抑制剂疗法已经取得一定进展,但还有部分ccRCC患者不能受益于该治疗[2-3]。因此,紧迫的任务是要寻找新的治疗方案和生物标志物,以改善ccRCC 的诊疗和预后。
染色质调节因子(chromatin regulator,CR)是一类酶,具有特定的功能域,能够通过改变染色质结构或修饰染色质来形成和维持表观遗传状态,并与各种癌症的发生密切相关[4]。研究表明,ccRCC 的发生、发展与CR 的异常表达密切相关[5-7]。例如,BAP1 作为一个肿瘤抑制因子,其缺失或失活会导致PRC1 介导的癌症相关通路基因的激活或修饰[5-6]。此外,BAP1 突变可以导致ccRCC 的远处转移和肾静脉侵袭[7]。
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类可参与和调控多种病理生理过程的非编码RNA,并且被报道在ccRCC 中通过多种调控作用影响其发生、发展[8-11]。然而,CR 相关的lncRNA 是否可能参与并影响ccRCC 的进展与预后仍有待阐明。因此,本研究全面分析了ccRCC 中与CR 相关的lncRNA,并建立了一种新的预后模型,旨在优化和改善ccRCC患者的预后管理。
1 资料与方法
1.1 数据的获取与处理
从TCGA 数据库(http://cancergenome.nih.gov/)下载ccRCC 转录组测序数据及患者临床信息(包括生存状态、生存时间、年龄、性别、临床分级、临床分期、TNM 分期)。排除随访时间<30 d、资料不完善(包括年龄、性别、临床分级、临床分期、TNM 分期)和临床分级、临床分期不能评估的样本 ......
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