生物信息学鉴定青少年特发性脊柱侧凸关键生物标志物
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[摘要]目的对青少年特发性脊柱侧凸(adolescentidiopathicscoliosis,AIS)患者间质干细胞的基因芯片数据进行生物信息学分析,探究AIS致病机制和治疗靶点。方法从基因表达综合数据库(geneexpressionomnibus,GEO)下载基因芯片GSE110359,获取AIS患者与非AIS患者间质干细胞中的基因表达谱。利用加权基因共表达网络分析(weightedgeneco-expressionnetworkanalysis,WGCNA)识别AIS关键模块,并对其进行基因本体(geneontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)富集分析;同时,对其28种不同类型免疫细胞进行免疫细胞浸润分析和蛋白质–蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)分析,并筛选出核心基因。结果确定8个基因共表达模块,GO富集在对氧减少的反应水平、低氧反应、对氧水平的反应、核糖核蛋白复杂组装、胶原蛋白?包含细胞外基质、剪接体snRNP复合物、snRNA结合、细胞外基质结构组成,KEGG信号通路富集在低氧诱导因子-1信号通路、剪接体、细胞铁死亡、脂肪酸降解等通路。此外,免疫浸润结果发现,AIS组单核细胞较非AIS组明显减少(P<0.05);而AIS组的活化树突状细胞浸润程度更高(P<0.05),通过PPI分析,筛选出血管生成素样4(angiopoietin-like4,ANGPTL4)、CXC基序趋化因子配体8(C-X-Cmotifchemokineligand8 ......
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