NIPT的不同测序深度对胎儿拷贝数变异及性染色体非整倍体检测效能的影响
[摘要] 无创产前筛查(noninvasive prenatal testing,NIPT)利用高通量测序技术检测母体血浆中的胎儿游离DNA片段,再经过生物信息学分析,最终评估胎儿存在染色体病的风险。目前主要用于筛查21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征。研究证实提升NIPT测序深度可拓宽疾病的覆盖范围并提升目标疾病的检测效能,NIPT显示出极大的临床应用前景。本文就NIPT的不同测序深度对胎儿拷贝数变异、性染色体非整倍体检测效能的影响进行综述,以期达到临床医生和患者可根据实际情况需要选择NIPT的不同测序深度,使NIPT更好地为产前筛查领域服务的目的。[关键词] 无创产前筛查;测序深度;拷贝数变异;性染色体病;检测效能
[中图分类号] R169 [文献标识码] A [DOI] 10.3969/j.issn.1673-9701.2024.27.031
染色体数目异常、致病性基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)、染色体大片段缺失/重复及单基因病等染色体病是出生缺陷最常见的遗传因素之一[1]。由于目前尚无有效治疗染色体病的方法,产前筛查和产前诊断成为有效降低出生缺陷发生率的重要防线。美国妇产科医师学会和国际产前诊断医师协会强调无创产前筛查(noninvasive prenatal testing,NIPT)可提供一种比羊膜穿刺术和绒毛膜绒毛取样更安全的方法,用于筛查与严重畸形和神经系统改变相关的染色体异常。临床已证实NIPT对胎儿21-三体综合征、18-三体综合征、13-三体综合征筛查的特异性和敏感度均在99%以上[2];但其对CNV和性染色体非整倍体的检测效能仍不理想。为此,研究者一直致力于探索提高NIPT检测效能的方法。Lo等[3]提出NIPT对一些染色体病的常规应用因其对测序深度的要求而受到限制。吕虹等[4]认为升级测序技术流程、优化生物信息分析算法和文库构建、高精度收集胎儿游离DNA(cell-free fetal DNA,cffDNA)、增加全基因组的覆盖深度,可进一步提升 NIPT 的检测效能。本文主要从NIPT的不同测序深度对筛查胎儿CNV和性染色体非整倍体检测效能的影响进行综述。
1 NIPT概述
自2011年NIPT进入临床至今发展迅速,源于其与传统血清学相比突出的检测效能。妊娠中期血清学筛查敏感度为60%~70%,特别是对高龄孕妇的假阳性率高达20%[5] ......
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