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编号:2167188
基于WGCNA鉴定阿尔茨海默病的衰老关键基因
http://www.100md.com 2024年11月4日 中国现代医生 2024年第28期
    

    [摘要]目的采用加权基因共表达网络分析(weightedgeneco-expressionnetworkanalysis,WGCNA)方法筛选并鉴定阿尔茨海默病(Alzheimer’sdisease,AD)相关的衰老基因。方法从GEO数据库中选择GSE132903作为分析数据集,筛选AD差异表达基因(differentialexpressedgene,DEG),采用火山图和热图进行差异基因可视化分析;从MsigDB、AgingAltas、CellAge三个数据库中下载衰老和衰老相关基因(agingandsenescence-associatedgene,ASAG);WGCNA筛选与AD临床特征相关性最高的基因模块,并采用基因本体(geneontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)对模块内基因进行富集分析;取DEG、WGCNA关键模块基因及ASAG的交集基因得到AD衰老相关差异表达基因(ADage-relateddifferentialexpressedgene,ARDEG),使用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络分析寻找关键节点基因;使用GeneMANIA数据库分析ARDEG的共表达网络和相关功能;最后将筛选到的关键基因在已知AD患者数据库Alzdata中进行验证。结果共筛选出226个DEG,611个ASAG,8个ARDEG。PPI筛选出排名前5位的关键基因分别为SYP、STXBP1、VAMP2、CPLX1和STX1A ......

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