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编号:2295630
基于生物信息学分析溃疡性结肠炎DNA甲基化标志物
http://www.100md.com 2024年12月12日 中国现代医生 2024年第35期
    

    [摘要]"目的"基于生物信息学方法分析溃疡性结肠炎(ulcerative"colitis,UC)的DNA甲基化生物标志物。方法"采用基因表达综合数据库(Gene"Expression"Omnibus,GEO)的芯片数据GSE81211、GSE75214、GSE87466分析UC的差异甲基化位点和差异表达基因,得到异常甲基化修饰的差异表达基因,并进行富集分析和蛋白质互作网络(protein-protein"interaction,PPI)分析。使用谱芯片GSE36807验证核心基因的表达水平并绘制受试者操作特征曲线验证核心基因诊断效能。结果"共筛选出42个高甲基化修饰低表达基因,53个低甲基化修饰高表达基因。功能富集分析显示主要与先天免疫反应、T细胞受体信号通路、上调细胞外信号调节激酶(extracellular"regulated"kinase,ERK)1和ERK2级联反应相关。基因富集的信号通路为细胞黏附分子和代谢途径。结论"7个异常甲基化修饰差异表达基因SELL、SLAMF1、FCGR2A、CD86、CTLA4、CCR7、PTPRC可能是UC的潜在生物标志物及治疗靶点。

    [关键词]"溃疡性结肠炎;生物信息学;DNA甲基化;表观遗传学

    [中图分类号]"R574.6""""""[文献标识码]"A""""""[DOI]"10.3969/j.issn.1673-9701.2024.35.009

    Bioinformatics-based"analysis"of"DNA"methylation"markers"in"ulcerative"colitis ......

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