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编号:2317924
基于GEO基因数据集的糖尿病足溃疡差异表达基因生物信息学分析
http://www.100md.com 2025年6月18日 中国现代医生 2025年第16期
    

    [摘要]"目的"通过生物信息学分析探寻与糖尿病足溃疡(diabetic"foot"ulcer,DFU)发生发展相关的重要基因。方法"对基因表达综合数据库(Gene"Expression"Omnibus,GEO)GSE143735数据集进行基因转录谱分析,根据数据集中患者是否存在DFU将其分为DFU组和无DFU组,采用GEO2R对两组患者的mRNA表达数据进行差异表达基因分析,绘制火山图,通过DAVID数据库进行基因本体论(gene"ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto"Encyclopedia"of"Genes"and"Genomes,KEGG)通路分析。筛选得到的差异表达基因置入String数据库进行分析,使用Cytoscape绘制蛋白质相互作用网络图并筛选核心基因。结果"共筛选出差异表达基因706个,其中上调基因470个,下调基因236个。GO分析结果提示差异表达基因主要集中在核小体、含胶原蛋白的细胞外基质、外泌体等细胞组分和DNA结合、蛋白质异二聚体活化、染色质结构组成、核小体DNA结合、细胞外基质结构组成、丝氨酸抑制酶活化等分子功能及核小体组装、染色质组织、角质化、端粒组织等生物过程。差异表达基因的KEGG通路分析主要涉及系统性红斑狼疮、酗酒、中性粒细胞胞外陷阱形成、病毒致癌等。蛋白质相互作用网络筛选得到H2BC14、H3C14、H2BC17、H4C6、H2BC9、H3C1、H2BC3、H3C12、H3C13、H2AC18等10个核心基因,上述核心基因在DFU组的表达量均显著低于无DFU组。结论"H2BC14、H3C14、H2BC17、H4C6、H2BC9、H3C1、H2BC3、H3C12、H3C13、H2AC18基因低表达可作为糖尿病患者发生DFU的预测因子 ......

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