特异性检测干酪乳杆菌的引物探针设计
市售,凝胶电泳,1材料与方法,1仪器与设备,2材料与试剂,3实验方法,2结果与分析,1DNA测序及特异性引物的设计,2引物的特异性检验,3引物探针可检测基因组DNA的含量限度检验,4引物探针普适性检验,5运用两对特异性引物检
陈延宁,侯亚茹,杜丽霞,艾庆蕊,张大虎,侯少阳(1.菏泽学院药学院,山东菏泽 274015;2.山东康爱制药有限公司,山东菏泽 274015;3.山东大树达孚特膳食品有限公司,山东菏泽 274015)
益生菌(Probiotics)于1907 年由梅切尼科夫首次提出。益生菌广泛存在于人体内,种类多样,具有促进营养物质吸收、提高机体免疫力等功能。此外,研究发现益生菌用于发酵乳制品能够有效缓解乳糖不耐受症状[1]。此外,益生菌对维持宿主肠道菌群平衡有非常重要的作用[2-3],同时,益生菌还可用于治疗儿童急性腹泻[4]。干酪乳杆菌属于乳杆菌属,为革兰氏阳性菌,作为益生菌的一种,具有降血压、降胆固醇、抑制肿瘤生长的功能,同时可以促进细胞分裂,具有增强人体免疫以及预防癌症等作用[5]。目前针对肠道细菌的鉴定技术主要有生化反应实验、16S rRNA 测序比对和细菌特异性基因检测、全基因组测序[6]等分子生物学方法[7]。近些年来发展的基质辅助激光解析飞行质谱技术,可以通过检测菌体蛋白质指纹图谱达到对不同细菌属、种的鉴定[8],同时基于MALDI-TOF 的分型方法也在快速发展当中[9]。但是上述方法均存在操作复杂等问题,急需一种简便、高效的干酪乳杆菌鉴别方法,实现干酪乳杆菌的痕量检出。
ERIC 序列,即肠杆菌基因间重复序列,首先由SHARPLES 等[10]于1990 年发现于大肠杆菌,并将其命名为基因间重复单位[11]。肠杆菌科基因间重复共有序列聚合酶链反应(Enterobacterialrepetitive Intergenic Consensus PCR,ERIC-PCR)是根据ERIC的核心序列设计引物,PCR 扩增两个ERIC 之间序列,不同细菌的ERIC 序列在染色体的位置不一样,因此可以根据扩增条带位置和数量来判断是否为同一基因型多位点序列分型[12],ERIC 序列具有高度保守性,因此通过普通PCR 方法扩增片段可以获得DNA 指纹图谱[13]。ERIC-PCR 技术在DNA 指纹图谱技术中的广泛应用使得细菌在亚种层次上的鉴别分类有了更好的依据[14-15]。由于此方法较传统鉴别方法更为便利,目前被广泛应用于微生物学中的菌株鉴别分类方面。由于细菌基因组的复杂性 ......
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