何纯刚 黄沁园 钟世彪 陈利生 肖和卫 李 雷

    (1广西壮族自治区人民医院 广西南宁 530021；2广西医科大学护理学院 广西南宁 530021；3广西壮族自治区民族医院 广西南宁 530021；4广西医科大学第一附属医院 广西南宁 530021)

    目前公认“正常黏膜—结直肠腺瘤—结直肠癌”是散发性结直肠癌的发病机制之一，甲基化(包括高甲基化及低甲基化)是肿瘤中表观遗传学改变最常见的类型之一，目前研究最深入的是抑癌基因启动子甲基化的研究，但关于基因低甲基化在结直肠腺瘤中的作用机制尚未完全明确。因此，本研究采用全基因组甲基化芯片分析结直肠腺瘤低甲基化谱，并寻找基因低甲基化标记物，为进一步研究结直肠腺瘤发生发展的分子机制及早期诊断提供依据，现报告如下。

    1 资料与方法

    1.1 研究对象 本研究中，组织标本源自2013年1月至2014年12月于广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科及广西壮族自治区人民医院住院患者，共收集29例标本：包括9例内镜下切除的结直肠腺瘤标本(直径≥2 cm)及20例结直肠黏膜标本(经肠镜排除炎症性肠疾病、癌前病变及癌)作正常对照组。在9例腺瘤患者中男性4例，女性5例，中位年龄53岁；部位：结肠7例，直肠2例；病理类型：绒毛状腺瘤2例，管状绒毛状腺瘤3例，管状腺瘤4例，均无癌变。收集的标本直接放入-80℃冰箱中保存。本研究收集标本已获得患者同意，研究获得广西壮族自治区人民医院伦理委员会批准。

    1.2 DNA提取及亚硫酸氢盐修饰转化 组织DNA的提取按照 QIAamp DNA mini kit(Qiagen,Hidden,Germany)试剂盒说明书进行，提取的DNA质量检测、定量、DNA亚硫酸氢盐修饰转化按照Zymo EZ DNA Methylation kit(Zymo Research,CA,USA)说明书进行。

    1.3 450K甲基化芯片分析 所有经亚硫酸氢盐修饰的DNA样本均采用450K甲基化芯片(Illumina,San Diego,Ca,USA)按操作说明进行。每个样本重复三次，芯片用Illumina HiScan SQ scanner进行扫描。

    1.4 统计分析

    1.4.1 结直肠腺瘤甲基化芯片原始数据处理及差异低甲基化谱分析 采用genomestudio(genomestudio software 2011.1，Illumina)软件进行芯片原始数据的提取、质量控制分析、校正。每个CpG位点的甲基化程度用 AVG_Beta值(数值为 0～1)来表示 ......