顾智文，巫殷腾，廖存，马辉，张森，张小龙

    广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科/广西消化道肿瘤加速康复外科基础研究重点实验室 广西 南宁 530021

    研究表明，结直肠癌是我国癌症死亡的第五大原因[1]。结肠癌的治疗方法包括传统的手术、化疗和放疗，还包括迅速发展的免疫疗法[2]。尽管结肠癌的治疗已经取得了重大进展，但其发病率逐年上升，5年生存率较低[3-4]。基因突变、吸烟、肥胖，以及各种炎性疾病是发生结肠癌的危险因素[5]。虽然炎症促进肿瘤发展的分子机制有待进一步明确，但是研究发现不同的免疫细胞、细胞因子和免疫介质参与了结肠癌发生的全过程[6]。免疫细胞毒性降低[7]和T细胞浸润缺乏[8]预示着结直肠癌患者的结局不良。Zhang等[9]研究表明，肿瘤免疫浸润程度越高，临床预后越好。近年来，结肠癌分子标志物在诊断、治疗反应评估和预后评估等方面的研究层出不穷[10]，但结肠癌预后相关标志物与免疫细胞关系的研究较少。本研究通过生物信息学分析结肠癌的预后相关基因及其与免疫细胞的关系，为结肠癌的诊断和治疗提供理论基础。

    1 资料与方法

    1.1 数据来源和组织样本收集

    在GEO(Gene Expression Omnibus，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)数据库中搜索与结肠癌相关的全基因组基因表达数据集，最终纳入GSE21510、GSE18105和GSE20916这三个数据集进行分析。GSE21510、GSE18105和GSE20916数据集的芯片平台都是GPL570。我们使用GSE21510作为训练集，GSE18105和GSE20916作为验证集。收集在广西医科大学第一癌组织及配对癌旁正常组织。排除术前接受化疗或放疗的患者。本研究经医院伦理委员会批准，所有患者均签署知情同意书。附属医院行手术切除且经病理确诊的41例结肠癌患者的结肠癌组织及配对癌旁正常组织。排除术前接受化疗或放疗的患者。本研究经医院伦理委员会批准，所有患者均签署知情同意书。

    1.2 差异表达基因(DEGs)的筛选

    获取GPL570平台探针名称与基因名称的匹配信息，首先将探针名称转化为正式的基因名称。当多个探针匹配同一个基因名称时，选择最大值的探针作为基因表达水平。利用Limma软件包对GSE21510、GSE18105和GSE20916数据集进行标准化和差异表达分析。筛选DEGs的标准：校正后P<0.05；|log FC|>2，FC为差异倍数。获取GSE21510、GSE18105和GSE20916数据集的上调和下调差异基因之后 ......