基于公共数据库分析VSIG4在结直肠癌中的表达及意义*
通路,样本,1资料与方法,1获取和处理CRCmRNA数据集,2分析VSIG4在CRC中的表达,3获取VSIG4的正相关基因,4探索VSIG4的生物学功能及信号通路,5探索VSIG4与免疫细胞浸润的关系,6
李辉,马辉,温佳颖,唐宇星,黄志广△1 广西医科大学第一附属医院结直肠肛门外科 广西南宁 530021
2 广西医科大学第二附属医院放疗科 广西南宁 530007
3 广西医科大学第一附属医院病理科 广西南宁 530021
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是消化系统最常见的恶性肿瘤之一[1-2]。研究显示CRC 的发病主要与年龄、环境以及家族遗传这三个因素有关[3-4]。由于缺乏早期特征性症状以及肠镜检查依从性低,多数CRC 首诊时即为中晚期。目前CRC 的标准治疗方法包括手术治疗、化疗和放疗。然而,近年来免疫治疗在多种癌症的治疗中取得了较为理想的疗效,特别是对于非小细胞肺癌和恶性黑色素瘤等[5-8]。在CRC 中,免疫检查点阻断仅对具有微卫星不稳定型的亚群有效,而占比约90%的微卫星稳定(microsatellite stability,MSS)型CRC 对免疫治疗应答率较低[9-10]。如果能找到一种新的标志物或免疫治疗的新通路,将为CRC 提供一种新的治疗策略[11],这对于CRC 的早诊早治和靶向治疗、免疫治疗具有重要意义。
含V-set免疫球蛋白域蛋白4(V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4,VSIG4)是免疫球蛋白超家族中的一员。在肿瘤患者中,VSIG4的过表达促进了U87-MG 胶质母细胞的上皮—间充质转化、侵袭和迁移,可与Rab18 相互作用影响胶质瘤细胞对替莫唑胺的敏感性[12-13]。VSIG4还被证实是晚期胃癌患者预后不良的独立预测因素[14]。VSIG4作为C3b/iC3b 的补体受体,还可以参与调节机体的免疫微环境[15],通过作用于巨噬细胞的补体,调节多种免疫反应从而参与癌症的发生发展[16]。虽然目前已有文献报道VSIG4在CRC 中表达下调,但其在CRC的发生发展及患者预后中发挥的作用尚不明确[17]。
本研究对来源于多个公共数据库中VSIG4的mRNA表达数据进行汇总分析,通过GO、KEEG 和GSEA(gene set enrichment analysis)富集分析进一步探索VSIG4的生物学作用和参与的信号通路,利用CIBERSORT算法分析VSIG4与免疫细胞浸润的关系,并进一步探讨VSIG4的表达对CRC患者预后的影响。
1 资料与方法
1.1 获取和处理CRC mRNA数据集
本研究由两名研究者对UCSC XENA、GTEx、GEO 和TCGA 等数据库中的CRC mRNA 数据集进行检索和筛选 ......
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