2.4 蛋白质分析方法

    2.4.1 数据库选择 Uniprot Rattus(36508sequences)。

    2.4.2 Mascot搜索 采用Mascot 2.3.02版本，操作时以mgf文件为原始文件，选择已经建立好的数据库，然后进行数据库搜索。

    2.4.3 蛋白质丰度比分布 在相对定量时，如果同一个蛋白质的量在两个样品间没有显著的变化，那么其蛋白质丰度比接近于1。当蛋白的丰度比即差异倍数达到1.2倍以上，且经统计检验其p-value值小于0.05时，视该蛋白为不同样品间的差异蛋白。对每个蛋白质差异倍数以2为底取对数后作出分布如图1。表达量上调的蛋白居于横坐标0位置的右侧，表达量下调的蛋白居于横坐标0位置的左侧。

    2.4.4 差异蛋白的Pathway富集分析 Pathway显著性富集分析方法同GO功能富集分析，是以KEGG Pathway为单位，应用超几何检验，找出与所有鉴定到蛋白背景相比，在差异蛋白中显著性富集的Pathway。通过Pathway显著性富集能确定差异蛋白参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径 ......