基于网络药理学与分子对接法探寻双黄连口服液治疗新型冠状病毒肺炎的有效成分及机制研究
黄芩,1材料与方法,2方法,2结果,1潜在化学成分,2抗COVID-19潜在作用靶点,3中药-成分-靶点-疾病网络构建,4PPI网络构建及组织定位分析,5GO富集分析及KEGG
谢丽华,蔺晓源,何 飘,刘 瑛,胡国恒*(1.湖南中医药大学,湖南 长沙410208;2.湖南中医药大学第一附属医院,湖南 长沙410007)
新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)是一种由2019 新型冠状病毒(SARSCoV-2)感染引起的流行性肺炎,其传染性强,人群普遍易感,临床症状以发热、乏力、干咳为主,严重者并发急性呼吸窘迫综合征。针对COVID-19,西医主要以抗感染、对症支持治疗为主[1],中医药作为祖国医学的宝贵遗产,在治疗与预防疫病方面具有丰富的临床经验,在整体观念及辨证论治思想的指导下,可通过驱邪外出、扶助正气实现整体调节,以改善临床症状、延缓疾病发展。
2020 年1 月31 日,中国科学院初步发现双黄连口服液可抑制SARS-CoV-2,双黄连口服液由金银花、黄芩、连翘3 味中药组成,具疏风解表、清热解毒之效。 金银花、连翘疏散风热、清热解毒,配以苦寒之黄芩以清中上焦湿热、泻上焦实火,主要用于以发热、咳嗽、咽痛为主的外感风热之症,对病毒感染所致的上呼吸道感染、肺炎等具有一定疗效[2]。 研究表明,双黄连口服液可通过减少炎性细胞浸润、抑制病毒复制,减轻肺损伤,对流感病毒(H1N1、H5N1)、呼吸道合胞病毒、轮状病毒具有明显的抗病毒效应[3-6]。刘菊等[7]通过总结中药抗病毒及抗COVID-19 临床推荐用药的研究发现,抗病毒中药使用频率前5 的为金银花、板蓝根、鱼腥草、连翘、黄芩,中医药防治COVID-19 推荐用药多含金银花、连翘、板蓝根、黄连、黄芪、人参等,而在多次COVID-19 临床诊疗方案中并未推荐双黄连制剂。故本文采用网络药理学对双黄连口服液主要化学成分及其靶点进行功能及通路富集分析,预测双黄连口服液防治COVID-19的有效成分及潜在作用机制,并采用分子对接的方法,对主要活性成分与SARS-CoV-23CL 水解酶(Mpro)、ACE2、2019-nCoV RBD/ACE2-B0AT1complex进行筛选,为寻找COVID-19 的药物治疗或新药研发提供依据。
1 材料与方法
1.1 材料
中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP,http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php);DAVID 6.8 数据库(https://david.ncifcrf.gov/);RCSBPDB 数 据 库(http://www.rcsb.org/);Swiss Target Prediction 数据库(http://www.swisstargetprediction.ch/);PubChem 数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/);GeneCards 数据库(https://www.genecards.org/);CTD 数 据 库(http://ctdbase.org/);BioGPS 数据库(http://biogps.org/#goto=welcome);Venny 2.1 在线软件作图工具平台(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/);在线绘图平台Omicshare(https://www.omicshare.com/);Chemoffice 软 件;AutoDockVina1.1.2 软 件;PyMOL 软 件;Cytoscape 3.6.1 软 件;GraphPad Prism 8 软件 ......
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