基于氧化应激基因构建肝细胞癌预后模型及潜在中药预测分析
马钱子,龙葵,1材料与方法,1数据收集和预处理,2转录组差异分析,3氧化应激相关基因预后模型构建,4免疫组织化学图像分析,5功能相关中药预测,6中药水提物制备,7细胞培养及处理,8细胞活力评估,9West
徐子悟,朱政清,梁文萱,李 霞,李云耀,周颖倩,刘碧源,孟 蕾*1.湖南中医药大学,湖南 长沙 410208;2.湖南大学,湖南 长沙 410012;3.湖南省人民医院,湖南 长沙 410005;4.湖南交通工程学院,湖南 衡阳 421001
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)是最常见的肝癌, 约占所有原发性肝脏恶性肿瘤的80%,其发病率和死亡率在全球范围内均在增加[1]。 尽管目前在HCC 筛查和治疗方面取得新进展,但大多数HCC 患者在诊断时仍处于晚期[2]。 因此,寻找一种新的灵敏且可靠的预后模型,准确预测患者生存率并合理指导治疗方案至关重要。
氧化应激是HCC 发生和发展的关键因素,参与HCC 的迁移、侵袭和转移[3]。 目前,已有试验将氧化应激生物标志物用于临床治疗HCC 和预测术后HCC 复发[4]。 研究表明,许多传统中药都含有抗氧化活性的成分,参与调节氧化应激[5]。 在现代临床治疗中,传统中药因其低毒性和良好的临床疗效,已被纳入许多疾病的治疗方案[6]。
本文拟构建可以精确预测HCC 患者的氧化应激相关基因预后模型,并预测作用模型中枢基因的中药单体成分,以期为治疗HCC的靶向中药研究提供依据。
1 材料与方法
1.1 数据收集和预处理
从TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov)下载LIHC 队列的转录组测序数据、体细胞突变数据和临床数据。此外,在GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)补充以GSE14520、GSE62232、GSE74656 HCC 患者转录组测序数据集。 氧化应激相关基因通过Genecards 数据库检索“氧化应激”,以相关评分≥7 分作为筛选条件获得。
1.2 转录组差异分析
利用R 语言“DESeq2”包对TCGA-LIHC 原始Counts 数据进行差异分析 ......
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