江西省呼吸道感染儿童人博卡病毒基因特征分析
核苷酸,毒株,1材料与方法,2结果,3讨论
李健雄,徐刚,施勇,龚甜,周珺,熊英(江西省疾病预防控制中心,江西南昌330029)
江西省呼吸道感染儿童人博卡病毒基因特征分析
李健雄,徐刚,施勇,龚甜,周珺,熊英
(江西省疾病预防控制中心,江西南昌330029)
目的了解近几年江西省呼吸道感染儿童中人博卡病毒的基因特征和变异情况。方法挑取2011年8月至2015年12月采集的江西省呼吸道感染儿童的人博卡病毒阳性样本,利用RT-PCR对人博卡病毒全基因进行测序,利用DNAStar和Mega对序列进行拼接分析。结果共得到22株人博卡病毒全基因组序列,全都属于HBoV 1型病毒,且Ia簇,Ib簇,II组均有流行。毒株间以及与标准株ST2和ST1间的核酸同源性非常高,为97.6%~100%。蛋白质总共有12处氨基酸发生了变异。结论引起江西省儿童呼吸道感染的HBoV较为稳定,未发生明显的变异,但仍应该关注个别位点的变异是否会对病毒感染性及致病性产生影响。
人博卡病毒;呼吸道感染;儿童;基因特征
近年来,随着分子生物学技术在病毒学研究领域中的应用,由病毒引起的世界性呼吸道疾病越发显得突出。引起呼吸道感染的病毒变异快,种类多,迄今为止,仍有很多呼吸道感染的病因不明。人博卡病毒(Human bocavirus,HBoV)1-4型是最近几年相继被发现的一种病毒[1-4],HBoV是目前已知的除B19病毒外唯一的对人类致病的细小病毒。当前,人博卡病毒已成为常见的导致小儿呼吸道感染的病毒之一,是一种不能忽视的呼吸道病毒,我省2011年至2015年呼吸道感染患儿的HBoV阳性率为5.7%[5]。本研究采集江西省2011年至2015年呼吸道感染儿童的标本,并对HBoV阳性标本的全基因进行测序,以进行江西省HBoV的基因特征分析及变异研究。
1 材料与方法
1.1 标本来源标本采集自江西省儿童医院呼吸内科,从2011年8月至2015年12月,采集不同发病时间的发热伴呼吸道感染症状的15岁以下的1508例儿童咽拭子或支气管灌洗液,共有86例患儿被检测出阳性。本研究根据采样时间及病毒浓度挑选阳性毒株进行测序。
1.2 主要仪器与试剂美国Bio-Rad PCR仪,法国VILBER LOURMAT凝胶成像系统、Qiagen DNA mini kit提取试剂盒,Promaga GoTaq Master Mix试剂盒。
1.3 方法
1.3.1 病毒核酸提取标本震荡离心处理后,取200μl标本,采用提取病毒总核酸 ......
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