PAIP1结合RNA测序及整合分析
文库,质粒,基因组,1资料与方法,2结果,3讨论
郑剑锋 ,杨峻 ,李金平 ,杨小洁 ,邵文华 ,秘思思(1.深圳市宝安区中心医院,深圳大学第五附属医院,广东 深圳 518102;2.桂林医学院,广西 桂林541004)
真核生物的蛋白质翻译调控过程在基因表达调控中发挥重要作用,而其中翻译起始阶段的调控是限速过程,在蛋白质翻译过程中的作用更加重要。翻译起始过程的异常会导致失常的蛋白质组,表现为蛋白质的种类和相对表达量的异常,该过程的异常会导致疾病,包括肿瘤的发生[1-3],因此,了解真核生物翻译起始阶段的调控机理对疾病的靶向治疗具有重要的指导意义。真核生物翻译起始是一个多因素参与、多步骤、动态的反应过程[4]。所有这些步骤涉及翻译起始因子与核糖体和mRNA的相互作用,除翻译起始因子外,Poly(A)结合蛋白相互作用蛋白1(Poly(A)binding protein interacting protein 1,PAIP1)的作用尤为特殊,PAIP1能与真核翻译起始因子3(Eukaryotic translation initiation factor 3,eIF3)和真核翻译起始因子 4A(Eukaryotic translation initiation factor 4A,eIF4A)相互作用,促进了mRNA环形结构的形成,迄今为止,人类中只发现PAIP1参与mRNA环化衔接,因此,PAIP1是蛋白翻译起始必须因子[5]。Sonenberg,N等研究发现,PAIP1可通过结合eIF4A和PABP促进蛋白质翻译,并提出PAIP1可能具有结合mRNA分子的功能[6],然而,该研究没有证实PAIP1能否结合mRNA分子。为了进一步研究PAIP1的功能,尤其证实PAIP1能否结合mRNA分子,即PAIP1的RNA结合功能,本研究通过RNA结合蛋白富集测序分析(RNA Binding Protein Immunoprecipitation sequencing,RIP-Seq)PAIP1 结合 RNA 的 分子 特征并进行富集分析,探讨PAIP1的新功能。
1 资料与方法
1.1 细胞培养与质粒构建 设计PAIP1基因PCR扩增引物 ......
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