选择性剪接事件预测急性髓系白血病患者生存并揭示免疫微环境特征
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黄玉娟,钟芳敏,周莉,黄波,王小中,李静(1.南昌大学第一附属医院检验科,江西 南昌 330006;2.南昌大学第二附属医院检验科 江西省检验医学重点实验室,江西 南昌 330006)
急性髓系白血病(AML)是一类以骨髓和外周血中未成熟骨髓干/祖细胞恶性增殖为特征的恶性肿瘤。 目前,该病的发生机制尚不清楚,表观遗传学和分子生物学分析揭示了许多AML 发生发展的影响因素[1]。AML 的发病率随着年龄的增长而增加,在老年人中最常见[2]。目前,AML 患者治疗仍不乐观,五年生存率低于30%,高度异质性和复杂的突变分型是AML 精准治疗中极大的挑战。 因此,进一步分析AML 患者分子生物学特征, 对AML诊断、治疗和预后评估非常重要。
人体系统错综复杂且精密, 为应对生理环境的变化和生理过程的需要, 可变剪接发挥了巨大作用。 各种类型基因转录本和相应蛋白质的产生调控着细胞增殖、分化、发育[3],使得机体活动有序地进行。 可变剪接通过七种剪接方式对前体mRNA(pre-mRNA)进行加工,各类剪接因子相互配合产生成熟的转录本。 但任何生理活动都会存在一定的误差和障碍,选择性剪接也不例外。 随着研究的深入,越来越多的研究表明,异常的选择性剪接(AS)事件影响着癌症的发生发展。 肿瘤细胞控制着选择性剪接的调控, 产生相应的转录本使自身处于有利的生存状态, 并抑制机体免疫功能对杀伤活性。 因此,对AML 中AS 事件进行全面分析具有重要的生物学意义[4-7]。
随着高通量测序技术的成熟与发展, 人们通过基因组学和转录组学的相关测序可以全面、直观地分析癌症细胞中的变化[8-9]。 AS 事件作为转录组学测序的内容之一,具有极高的研究价值,不同的选择性剪接类型、转录本表达量的异常变化,剪接异构体的形成, 在丰度和结构层面都蕴含着大量的生物学信息[10]。生物信息学分析可以鉴定出癌细胞中特异的剪接因子调控方式和转录本变化。
本研究将生物信息学分析方法应用于转录组学测序数据中,结合临床信息,探索AS 事件之间的关联及与AML 患者预后、 肿瘤微环境的关系。剪接因子(SFs)在选择性剪接中发挥了重要作用,AS 事件与剪接因子相关性分析能更全面了解AML 中AS 事件发生的特征 ......
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