基于生物信息学方法对EV71 感染miRNA生物标志物筛选及鉴定
聚类,通路,蛋白,1材料与方法,2结果,3讨论
单志鸣,杨俊梅,孙红启,李铁威,成怡冰(郑州大学附属儿童医院 河南省儿童医院 郑州儿童医院 郑州市儿童感染与免疫重点实验室,河南 郑州 450000)
手足口病 (Hand, foot and mouth disease,HFMD)是一种由肠道病毒感染引起的儿童常见感染性疾病,多累及2~5 岁儿童,手足口病主要的病原为肠道病毒柯萨奇病毒A 组16 型(CA16) 和肠道病毒71 型(EV71)等,典型临床表现为口腔黏膜溃疡性疱疹及四肢末端水疱样皮疹, 此外,EV71常引起严重中枢神经系统并发症, 如脑膜炎、脑炎、急性迟缓性瘫痪等[1-2]。 微小脱氧核糖核酸(microRNA)是一种19~22 个碱基的小分子RNA,大量研究表明其参与调控细胞增殖、分化、病毒感染等多种生物学过程[3],为了进一步探讨其在EV71感染过程中的功能,本研究我们通过分析基因综合表达数据库(GEO)[4]中EV71 感染后差异表达microRNAs,分析这些差异表达基因所参与的生物学过程,以及在EV71 感染过程中发挥关键作用的通路途径,更好的揭示EV71 感染人体的更多分子机制,为后续研究提供理论基础,并为临床诊断和治疗提供有诊断和预后价值的标志物以及治疗的新靶点。
1 材料与方法
1.1 数据来源 在美国国家生物技术信息中心(NCBI) 的公共数据库GEO 中以“EV71”“microRNA”检索,对检索结果按照如下标准筛选:(1)至少3 个生物学重复;(2)研究设计有对照组。筛选后得到microRNA 芯片数据集GSE57372,其包含EV71感染人结直肠癌细胞HT29 组和对照组共6 个样本, 芯片分析平台为Affymetrix 多物种miRNA-2芯片。
1.2 筛选差异表达基因 用在线分析工具GEO2R对miRNA 矩阵作差异表达分析, 设置筛选标准为: 感染组与对照组相比差异倍数2 倍以上,P 值小于0.05(Log FC>1, P<0.05) ......
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