李健雄，施勇，刘师文，徐刚，龚甜，周珺，肖芳，刘晓庆，张艳妮，肖大瑾，冉鑫，熊英

    (江西省疾病预防控制中心，江西 南昌 330029)

    2020 年初，新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)[1](简称” 新冠肺炎” )迅速蔓延，席卷全世界，对全球的经济、社会造成了巨大的冲击。目前，全球确诊病例超1.8亿例，死亡破400万例，新冠肺炎疫情防控形式十分严峻。

    SARS-CoV-2为线性单股正链的RNA病毒，属于β属的冠状病毒，有包膜。其基因组长约为29.8 Kb，基因特征与SARS-CoV和MERS-CoV有明显区别[2]。COVID-19患者和无症状感染者均可能通过呼吸道飞沫、密切接触等途径将SARSCoV-2传播给易感人群[3]。由于病毒的复制过程易出错特性，特别是RNA病毒，随着时间的推移积累突变将导致序列的改变多样性。文献报道[4]，目前SARS-CoV-2的核苷酸突变率估计约为2.5个核苷酸/月，其基因组变异可能会对其传播力、致病力产生影响。因此，快速、准确的进行SARS-CoV-2基因组测序，掌握基因组特征，对疫情防控具有非常重要意义。

    2020年1 至3月，江西省共发现930例新冠肺炎确证病例，是除湖北省以外疫情较为严重的几个省份之一。后期，在外防输入阶段，我省共发现5例境外输入病例。为了了解江西省病毒基因变异情况，建立江西省本土新冠病毒基因库，为后续新冠疫情的溯源提供参考依据，本研究于2020年1月、2020年2月和2020年9月，分别建立了新冠肺炎病例临床样本的二代和三代基因组测序技术，并应用于新冠肺炎确证病例临床样本的SARS-CoV-2全基因组测序，现将研究结果报道如下。

    1 材料与方法

    1.1 样本来源 样本来源为2020年江西省新冠肺炎确诊病例的咽拭子和痰液等呼吸道样本。

    1.2 核酸提取 采用Qiagen RNeasy Mini Kit(Qiagen，Cat No：74104)对38份新冠肺炎病例的咽拭子和痰液等呼吸道临床样本进行病毒核酸提取，具体操作步骤参照试剂盒说明书。

    1.3 文库构建及全基因组测序

    1.3.1 基于Ion Torrent S5平台的二代宏基因组测序 建立基于Ion Torrent S5平台的新冠二代宏基因组测序方法 ......