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编号:972415
基于生物信息学数据库分析FOXM1 在肝癌中的表达及其临床预后意义
http://www.100md.com 2023年10月18日 实验与检验医学 2023年第3期
通路,1资料与方法,2结果,3讨论
     苏永发,陈金图

    (福建医科大学附属泉州第一医院检验科,福建 泉州 362000)

    肝癌是全球常见的恶性实体肿瘤之一,在我国存在高发病率和致死率[1-2]。肝癌起病隐匿,术后总体预后差[3-4]。其发生发展机制十分复杂,至今仍未明确,因此探索新的、有价值的肿瘤标志物对肝癌的诊疗及预后具有重要意义。

    FOXM1 是属于Fox 家族的一种转录因子亚型,其表达及转录依赖于细胞周期分化过程[5]。FOXM1 能够调节肿瘤细胞一系列病理活动,包括增殖,侵袭及转移,因此FOXM1 的表达水平将为肿瘤的诊断和预后提供重要的指标[6-7]。相关研究发现FOXM1 在癌症,如宫颈癌[8]、乳腺癌[9]、卵巢癌[10-12]、膀胱癌[13-14]等中异常高表达,逐渐成为肿瘤研究的热点,然而关于FOXM1 在肝细胞癌的研究较少。本研究主要采用生物信息的方法,挖掘分析Oncomine、GEPIA 和HPA 公共数据库中FOXM1在肝癌中的表达情况及其潜在的临床预后意义。另外,最近的大量实验研究发现,靶向的FOXM1抑制剂具有有效的抗癌作用,表明FOXM1 将有机会为抗癌药物开发和肿瘤治疗提供潜在的新靶标[15]。

    1 资料与方法

    1.1 Oncomine 数据库的在线分析 Oncomine 数据库(https://www.oncomine.org/)是采用基因芯片技术建立的肿瘤数据库[16],其中一项重要功能就是进行肿瘤和正常组织的基因差异表达分析。本研究预设的检索条件如下:(1)目的基因: FOXM1;(2)分析类别:癌症组vs 正常组;(3)肿瘤类型:肝癌;(4)数据类型: mRNA;(5)样本类型:临床标本;(6)数据集筛选标准:P <0.0001,fold change 2,gene rank=Top 10%。将所有结果汇总进行综合比较分析。

    1.2 GEPIA 数据库的在线分析 GEPIA 数据库(http://gepia.cancer-pku.cn/)是一个可用于整合分析癌症表达谱数据的交互式分析网站[17]。本研究预设的检索条件如下:(1)“Expression DIY” 模块:Boxplot 中选择FOXM1 及Match TCGA normal data and GTEx data;Stage plot 中选择FOXM1、“Yes”Log Scale(2)“Survival”模块:Survival Plots 中选择FOXM1、Overall Survival 或Disease Free Survival;(3)“Correlation”模块:选择FOXM1 分别与MLH1、MSH2、MSH3、MSH4、MSH5 和MSH6 等DNA 修复基因及PIK3CA、AKT1、mTOR、HIF1A 和VEGFA等PI3K/AKT 信号通路关键分子进行相关性分析 ......

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