二代测序在脓毒症患者病原学检测中的应用价值
病原体,特异性,1资料与方法,1一般资料,2方法,3观察指标及评价标准,4统计学方法,2结果,1临床特征及预后,2病原体检出情况,3抗生素对病原体的检测影响,3讨论
许小泽 黄泽伟 刘振密 肖卫民 苏 阗 黄瑞坤 赵崇涛 刘雪燕▲1.暨南大学第二临床医学院(深圳市人民医院)重症医学科,广东深圳 518020;2.深圳市泰康吉音生物科技研发服务有限公司技术部,广东深圳 518000
脓毒症是指因感染引起的宿主免疫反应失调导致的危及生命的器官功能障碍[1],其起病急、进展快、病原体复杂,可导致全身多器官功能障碍乃至迅速衰竭,短时间内能否明确致病病原微生物对指导治疗和改善预后具有重大意义。目前,临床工作中常用病原体检测方法主要为传统微生物培养,存在培养时间长、检出率低、覆盖面小等缺陷[2],无法满足脓毒症患者进行靶向抗菌治疗的亟需性。二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)技术为新型病原检测手段,具有快速、阳性率高、覆盖面广等优势,尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断[3],但临床中尚未广泛使用。本研究通过比较分析mNGS 与传统血培养两种病原检测方法的病原体检出率,进一步分析抽样前有无使用抗生素对两者的检出影响,旨在为明确mNGS 在脓毒症患者中的应用价值提供一定的科学证据。
1 资料与方法
1.1 一般资料
选取2017年10月—2019年9月深圳市人民医院重症医学科收治的118 例脓毒症患者进行回顾性分析,收集研究对象的一般信息(包括住院号、姓名、性别等等)、诊断、入科时急性生理学与慢性健康状况系统评估Ⅱ(systematic assessment of acute physiology and chronic health conditions,APACHE Ⅱ)评分、序贯器官衰竭(sequential organ failure,SOFA)评分、感染部位、白细胞计数(white blood cell count,WBC)、中性粒细胞比例(neutrophil ratio,Neu%)、C-反应蛋白(Creactive protein,CRP)、降钙素原(procalcitonin,PCT)、乳酸(lactic acid,Lac)、入科前有无使用抗生素、治疗过程中是否使用血液净化及呼吸机、28 d 预后情况、院内血浆微生物培养结果、Mngs 报告等。纳入标准:①年龄≥18 岁;②脓毒症诊断符合Sepsis-3[1]中的诊断标准;③入科24 h 内有留取血浆样本进行微生物培养及二代测序检验;④患者或其家属已签署知情同意书。排除标准:①入科后24 h 内自动出院或死亡患者;②血浆样品受到污染;③病例数据不全 ......
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