基于生物信息基因表达谱的乳腺癌转移基因标志物的分析研究
乳癌,枢纽,通路,1资料与方法,1一般资料,2DEGs的鉴定,3基因本体和京都基因与基因组百科全书途径富集通路分析,4DEGs和模块选择的蛋白质-蛋白质交互网络分析,5核心基因的热图绘制,GO和临床分析
吴奇桥 张树民 郑婷婷 刘 娟 胡 永 林登强 戴梦婷 孙 菁▲1.复旦大学附属中山医院厦门医院放疗科,福建厦门 361006;2.复旦大学附属中山医院放疗科,上海 200030;3.复旦大学附属中山医院厦门医院放射科,福建厦门 361006;4.复旦大学附属中山医院厦门医院泌尿外科,福建厦门 361006
乳腺癌是威胁女性健康的最常见恶性肿瘤,是美国第二大最常见的癌症相关死亡[1]。乳腺原位癌通常具有良好的预后,然而,乳腺癌若出现远处转移往往会导致危及生命的结果[2]。总体而言,乳腺癌的5年平均生存率为90%,但如果存在远处转移,则降至26%[3]。
乳腺癌进展的分子机制尚未完全了解。鉴于其高死亡率,迫切需要弄清乳腺癌转移的潜在分子机制。既往的研究已经调查乳腺癌转移的相关基因,如Chen 等[4]揭示了ECM-受体相互作用可能有助于乳癌骨转移;Cai 等[5]表明CDCA8、CCNA2 与乳癌远处转移有关;Zheng 等[6]鉴定了几种与乳腺癌转移相关的基因。然而上述研究仅对单个数据集进行分析,目前仍然没有研究结合相似数据集进行基因分析。本研究分析了三个数据集中与乳腺癌转移相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),目的是更好地了解潜在乳腺癌转移的机制,并找到潜在生物标志物和治疗靶标。
1 资料与方法
1.1 一般资料
GSE32489、GSE14776 和GSE103357[7]使 用 基 因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)得到的三个基因数据集,均使用Illumina HumanRef 平台芯片,根据平台中的注释信息将探针转换为相应的基因符号。GSE32489包含非转移尸检组织19 个,淋巴结转移组织90 个 ......
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