HDAC 抑制剂SB939 抑制三阴性乳腺癌细胞相关基因芯片分析
差异基因,通路,1材料与方法,2细胞培养及总RNA提取和纯化,3芯片杂交,4统计学方法,2结果,1差异基因表达分析,2GSEA分析,3GO富集分析,4KEGG通路分析,3讨论
王宝祯, 凌 珺, 陈 静, 李 涛(1.宁夏医科大学临床医学院,银川 750004; 2.宁夏回族自治区生育力保持教育部重点实验室,银川 750004;3.宁夏医科大学基础医学院,银川 750004; 4.宁夏医科大学总医院肿瘤医院肿瘤外二科,银川 750004)
乳腺癌是一种复杂的异质性疾病,转移和复发是三阴性乳腺癌预后较差的主要原因之一。其中侵袭和转移在恶性肿瘤发展过程中发挥着重要的作用[1-3],在转移过程中肿瘤细胞离开原发肿瘤病灶,侵入循环系统,进入远处器官并形成转移灶[4]。人类的大多数实体瘤都起源于上皮细胞,经历一个复杂的过程,启动上皮-间充质转化(EMT),使上皮细胞失去黏附特性和极性,并获得迁移和侵袭的能力[5-7]。研究[8-10]显示,IL-6/STAT3、TGF-β/smad、PI3K/AKT 等信号通路都参与了乳腺癌转移过程,且组蛋白乙酰化和去乙酰化的失调与癌症进展有关[11-12]。在体外细胞培养模型和体内肿瘤移植模型中发现,组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDACis)可诱导肿瘤细胞凋亡、分化和细胞周期阻滞[13-15]。目前,在转移性乳腺癌的临床试验中,LBH589、丙戊酸和MS-275 表现出良好的低毒抗肿瘤活性,但其副反应较为明显,因此,有必要寻找新的HDACis 用于乳腺癌的临床治疗[16]。Prinostat(SB939)是一种新型的口服HDACis,与其他抑制剂如Vorinostat(SAHA)相比,具有更好的药代动力学、理化和药学特性[17]。基于此,本研究通过利用生物信息学手段,分析SB939 抑制三阴性乳腺癌细胞相应基因表达的改变,寻找其作用的关键基因及相关重要通路。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 主要仪器设备 二氧化碳培养箱(力康生物医疗科技控股有限公司),低温离心机(4 ℃)(Eppendorf 公司),全波长酶标仪(Thermo Fisher公司),NanodropR2000(Thermo Fisher 公司),ABI 9700 RCR 仪(ABI 公司),GeneChipR Hybridization Oven 645(Thermo Fisher 公司),GeneChipR Fluidics Station 450(Thermo Fisher 公司) ......
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