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编号:643673
结直肠癌坏死性凋亡相关lncRNA 预后风险模型构建
http://www.100md.com 2022年7月15日 宁夏医科大学学报 2022年第6期
抗癌,评估,特征,1材料与方法,1数据下载及处理,2筛选坏死性凋亡相关lncRNA,3筛选最优特征lncRNA并构建预后模型,4模型的验证及分层预后评估,5模型在抗癌药物敏感性分析中的价值评估,6列线图构建
     刘德明, 郭天康,2

    (1.宁夏医科大学临床医学院,银川 750004; 2.甘肃省人民医院,兰州 730000)

    结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是消化道常见恶性肿瘤之一,其发病率和致死率一直位居前列[1]。近年来手术及放化疗可明显提升患者的生存率[2],但放化疗的耐受性问题仍使CRC 的治疗屡屡受挫[3],迫切需要新型诊疗措施。

    坏死性凋亡是一种受高度调控的区别于细胞凋亡和坏死的程序性死亡形式[4],既可促使肿瘤免疫抑制微环境的形成,也可促进CXCL1 蛋白生成,从而促进肿瘤进展[5-6]。因此,探寻更精准的坏死性凋亡相关靶向分子至关重要。长链非编码RNA(lncRNA)是包含200 个以上核苷酸序列的非编码RNA,可在多阶段调控基因的表达并影响其功能,促进或抑制肿瘤的发展[7]。探索坏死性凋亡lncRNA,可更深入理解坏死性凋亡在癌症进展中的作用,并获得具有潜在价值的治疗靶向分子。

    本研究结合递归特征消除算法(recursive feature elimination,RFE)及单、多因素Cox 回归分析,构建坏死性凋亡相关lncRNA 的预后风险模型,评价风险模型在患者预后及抗癌药物治疗敏感性中的预测价值,为研究CRC 的诊治和分子机制提供理论依据。

    1 材料与方法

    1.1 数据下载及处理

    从TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov)中下载CRC 患者RNA-seq 数据集及相关临床信息。基于Gencode 数据库(https://www.gencodegenes.org/human/)下载转置文件,进行基因ID 注释转换。

    1.2 筛选坏死性凋亡相关lncRNA

    采用R 软件Limma 包,设定参数:|logFC|>1,P0.5,P<0.001,获取相关性lncRNA。通过Venn在线工具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)求取差异lncRNA 与相关lncRNA的交集,将其结果作为坏死性凋亡相关lncRNA,并进行后续分析。

    1.3 筛选最优特征lncRNA 并构建预后模型

    基于患者临床信息 ......

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