外周血ADAM19 DNA甲基化生物标记物对慢性阻塞性肺疾病的诊断价值
试剂盒,1材料与方法,2研究对象,3方法,4统计学方法,2结果,1筛选Illumina850K芯片甲基化测序结果,2研究对象基本资料,3两组甲基化位点cg07575896中CpG4甲基化水
王 霞,侯 嘉(1.宁夏医科大学临床医学院,银川 750004;2.宁夏医科大学总医院呼吸与危重症医学科,银川 750004)
慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)是以持续性气流受限为特征的疾病,其发生与气道和肺组织暴露于香烟等有害气体或颗粒所致的异常炎性反应有关[1]。目前已为全球第三大疾病死因[2-3]。我国成人COPD患病率为7.8%,估算我国有近1亿例COPD患者[4]。该疾病早期诊断和有效治疗刻不容缓,但临床缺乏能够早期诊断和评价疾病活动度的标记分子。COPD的发病机制与遗传易感性和环境暴露有关,而表观遗传与二者关系紧密[5-6]。表观遗传学包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等,其中DNA启动子甲基化与COPD的关系研究较多,但Body区甲基化的相关研究较少[7]。通常DNA启动子甲基化导致基因沉默,去甲基化导致基因活化,而发生在Body区作用相反[7-8]。本研究通过筛查COPD患者外周血Illumina 850K芯片全基因组甲基化测序结果,选出甲基化差异位点及靶标基因,经Agena质谱法进行验证,同时扩大样本量利用RT-PCR法验证基因表达,通过分析靶标基因与不同临床特征指标的相关性,以期寻找能够早期用于诊断COPD和评估疾病进展的生物标记物。
1 材料与方法
1.1 材料
甲基化扩增引物由美国Sequenom公司设计合成;ADAM19基因引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成;外周血提取RNA试剂盒购自天根生华科技(北京)有限公司;RNA逆转录和荧光定量PCR试剂盒购自日本TaKaRa公司;DNA提取试剂盒购自德国Qiagen公司;DNA甲基化试剂盒、亚硫酸盐试剂盒、碱性磷酸酶(SAP)处理试剂盒、体外转录(IVT)酶切试剂盒、质谱试剂均购自美国Sequenom公司。
MassARRAY Nanodispenser RS1000点样仪、SpectroCHIP 384格式芯片、EpiTYPER软件均为美国Sequenom公司生产;荧光定量PCR仪器为罗氏480。
1.2 研究对象
选择2020年10月至2021年4月在宁夏医科大学总医院呼吸与危重症医学科住院的COPD患者102名(COPD组)和同期在本院行健康体检者61例(对照组)作为研究对象。COPD按照2019版GOLD指南标准诊断[9] ......
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