王 阳， 李沛玲， 张永海，， 巩 凡， 杨梦渠，， 刘丹妮

    (1. 宁夏医科大学，银川 750004； 2. 宁夏回族自治区人民医院，银川 750002)

    外周动脉疾病(peripheral artery disease，PAD)是一种动脉粥样硬化病变，主要累及下肢动脉，可引发管腔狭窄和闭塞。PAD 影响全球约2 亿人[1]，在60 岁及以上人群中发病率为12%～20%[2]，在85 岁及以上人群中这一比例已升至50%[3]。PAD 会导致肢体严重缺血，进而引起静息性疼痛、趾端坏疽甚至截肢[4]。患者的症状、体征和超声多普勒检查是目前诊断PAD 的主要方法[5]，但具有典型征象的PAD 患者只有10%[6]。随着基因测序、微阵列和蛋白质组学在内的生物信息学的快速发展，生物信息学已被应用于癌症、呼吸系统、神经系统、心血管系统等各个医学领域[7-11]。本研究利用生物信息学方法从GEO 数据库中对比小鼠正常下肢肌肉组织与小鼠缺血下肢肌肉组织的基因表达差异，发现枢纽基因，进而探求该枢纽基因与PAD 的关系。

    1 材料与方法

    1.1 利用生物信息学方法发现枢纽基因

    本研究从公共高通量基因表达资源库(GEO)中下载GSE3313 微阵列数据集，GSE3313 中包含了小鼠术前(股动脉结扎离断术)下肢肌肉组织样本及术后3 个不同时间点(术后1 d、术后7 d和术后14 d)的肌肉组织样本，对每个样本采用3 个独立的重复实验[12]，采用两组间基因表达量比值FC(fold change)来描述差异显著性情况。通过GEO2R 从数据集中筛选出差异表达基因(DEGs)[13]，筛选条件：同时满足log2FC>1 或<-1和错误发现率(FDR)<0.05。采用韦恩图发现各组中共同的DEGs。将得到的DEGs 进行基因本体论(GO)[14]分析和京都基因、基因组百科全书(KEGG)[15]分析，再对DEGs 进行蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析(PPI 交互作用值设定为≥0.4)[16]。最后使用Cytoscape 软件的MCODE 和cytoHubba 插件[17]发现枢纽基因(MCODE 选择标准为评分>2，截断值=2，节点截断值=0.2，最大深度=100，k 评分=2)。

    1.2 小鼠下肢缺血模型构建

    BALB/c 野生型裸鼠(雌性18 只 ......