基于网络药理学及分子对接技术探讨千金藤素治疗新型冠状病毒感染的作用机制
靶点,受体,1方法,1CEP靶点预测,2预测COVID-19疾病靶点,得出“药物-疾病”交集靶点,3构建PPI,4基因本体(geneontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百
黄 灿, 牛 阳, 南 一, 袁 玲, 窦红莉, 姜文婕(1.宁夏医科大学中医学院,银川 750004; 2. 宁夏少数民族医药现代化教育部重点实验室,银川 750004;3.宁夏医科大学药学院,银川 750004; 4. 陕西中医药大学,咸阳 712046)
新型冠状病毒感染是一种人群普遍易感的传染病[1]。目前针对新型冠状病毒的3CL 蛋白酶抑制剂Paxlovid 是由奈玛特韦和利托那韦联合使用的一种药物,另一种药物阿兹夫定属于RNA 聚合酶抑制剂,可抑制病毒复制或清除病毒,但这两种临床用药均会导致肝功能异常,腹泻、味觉减退,消化不良、胃食管反流、呕吐,头痛、肌肉酸痛等不良反应[2-3]。千金藤素(cepharanthine,CEP)是从传统中药白药子的块根中提取的,其具有抗炎、抗菌、抗氧化、抗溶血和促进抗体生成,提高机体免疫力的作用[4-5],临床上用于治疗肺部炎症和急性肺损伤(acute lung injure,ALI),同时作为白细胞增生药治疗辐射引起的白细胞减少症[6-8]。研究[9]显示,10 μmmol·L-1的CEP 可抑制冠状病毒复制的倍数为15 393 倍。CEP 具有明显的抗急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)活性的能力,其实验疗效优于已获批上市的瑞德西韦和帕罗韦德,可用于对抗COVID-19[10-12],但其作用通路机制尚不明确。故本研究通过网络药理学筛选出CEP 化合物与疾病作用靶点进行聚类分析,同时对化合物-靶点进行分子对接,计算理化参数,评价其相互作用,以期为CEP 抑制COVID-19 的作用机制和药物开发提供参考意义。
1 方法
1.1 CEP 靶点预测
借助PubChem 数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/),以“cepharanthine”为关键词检索其分子表达式、国际化学品标识符及密钥(international chemical identifier and key,InChIKey)、使用规范算法生成的线性描述代谢物结构(canonicalization the simplified molecular-inout line-entry system,Canonical SMILES)、2D 结构等信息,将Canonical SMILES 号导入SwissTargetPrediction 网站(http://www.swisstargetprediction.ch/)预 测CEP的靶点 ......
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