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编号:1727445
缺血性脑卒中差异表达基因筛选与生物信息学分析
http://www.100md.com 2023年12月14日 宁夏医科大学学报 2023年第10期
靶点,受体,通路,1材料与方法,1数据集获取,2ISDEGs筛选,3GO功能和KEGG信号通路富集分析,4蛋白-蛋白相互作用网络,5IS关键基因的表达分析和诊断价值,6统计学方法,2结果,1标本资料,2DEGs筛选
     李晴晴, 李小霞, 赵 燚, 张毓洪, 常晓玉,2

    (1.宁夏医科大学公共卫生学院,银川 750004; 2.宁夏医科大学学报编辑部,银川 750004)

    脑卒中是一种急性脑血管疾病,是由于脑部血管突然破裂或因血管阻塞导致血液不能流入大脑而引起脑组织损伤的一种疾病,包括缺血性脑卒中和出血性脑卒中,具有发病率高、致残率高、病死率高和复发率高的特点[1]。调查显示,中国脑卒中患病率随着年龄增长而升高且城市高于农村,2020 年总体患病率达到2.6%,成为我国第二位死亡原因,也是中国成年人残疾的首要原因[2]。目前公认的治疗脑卒中最有效的方法是溶栓治疗,但发病后4.5 h 内的治疗时间窗口狭窄且出血风险高,IS 患者的溶栓率非常低,预后差[3]。因此,确定有效治疗脑卒中的分子靶点和明确脑损伤的机制尤为重要。

    研究[4]表明,IS 约占全部脑卒中的80%,心源性栓塞性卒中属于IS 的一种。IS 是一种多因素、多机制及多通路介导的疾病,其发病机制和关键基因尚不明确。有研究[5]表明,PTGS2 基因可能与小血管闭塞的IS 亚型有关;PITX2 和ZFHX3 基因以及另外2 个相关基因ZNF566 和PDZK1IP1的单核苷酸多态性会增加脑卒中的患病风险,不同表观遗传机制(如DNA 甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA 等)可能诱导对脑缺血的不同损伤反应[6]。因此,对脑卒中风险位点的了解可增加找到新的抗血栓药物治疗靶点的可能性。而生物信息学分析可以利用高通量基因测序技术分析生物体的基因组、转录组和蛋白质组信息,从各个分子水平揭示疾病发生和发展的机制。本研究利用生物信息学方法选取IS 患者和正常人外周血标本全基因组表达的mRNA 芯片数据筛选IS 差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),分析其功能和信号通路,然后构建一个基因网络图,并筛选关键基因靶点,以期为临床诊断和治疗提供理论基础。

    1 材料与方法

    1.1 数据集获取

    从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO),以“stroke”为检索词、“homo sapiens”为限定种属、“expression profiling by array”为限定类型,检索相关基因表达谱数据 ......

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