其次，重新整合的大部门中，内部处室之问的职能分工也可能会产生缝隙。大部制改革将原先分散在多个部门的食品安全职能集中至两大部门，使得农业和食药部门规模日趋庞大——尤其是主要担负监管职责的食药部门，将会面临繁冗庞杂的各种事务性工作。事实上，各省级食药部门在承接新职能后，还是按照“生产一流通一餐饮消费”三个环节在设置内部处室。比如，广西壮族自治区食品药品监督管理总局下设“食品生产监管处”“食品流通监管处”和“食品餐饮监管处”三个处室。如果只是将原质检部门和工商部门的职能简单整合至食药部门，那么也就只是将原部际之间的职能交叉缩小到了食药内部各处室的职能交叉。职能交叉问题如不解决，必将出现内部处室之间的相互扯皮推诿的情况，由此部门内部的监管缝隙便可能产生，进而影响到食品安全监管机制的有效运行。

    最后，食安办各项工作的开展或存在阻力。食安办设在食药总局下，与需要协调的农业部和卫计委同属于正部级单位。当涉及需要在这三个部门间进行综合协调的食品安全监管问题时，同级部门之间的协调和管理可能会不够通畅。

    (四)食品安全统一新标准的出台与完善面临挑战

    为了加强我国食品安全标准的统一，卫计委全方位承担了食品安全标准的整理、修订和起草工作 ......