陈丝梦,孟祥文,王金,程芷洛,宣自华,贾晓益

    1.安徽中医药大学,安徽 合肥 230012; 2.安徽省中药复方重点实验室,安徽 合肥 230012;3.安徽省中药研究与开发重点实验室,安徽 合肥 230012

    类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种以滑膜增生和免疫细胞浸润为特征的自身免疫性疾病,临床特征为进行性关节肿胀、疼痛和关节畸形,并逐渐出现关节功能障碍,最终导致残疾[1]。全球疾病负担研究报告发现,RA作为一种顽固性疾病,在所有关节疾病中致残率最高,其全球发病率、患病率和发病年龄均有所增加,患病率已达0.27%[2]。目前,临床治疗RA的常用药物存在一定的不良反应,部分药物作用机制单一,不能从根本上阻止RA的发展进程[3-4]。因此,寻找疗效显著且不良反应小的药物尤为重要。

    根据中医理论,RA可归于“痹证”范畴[5]。本病活动期基本病机为脏腑内蕴湿热毒,外以风、寒、湿等邪从化,最终导致湿热毒邪痹阻经络、筋脉骨节,湿热为主要病理因素[6]。中药具有多组分、多途径、多靶点作用的特点,不良反应少,在防治RA方面可发挥重要作用。小柴胡汤记载于《伤寒论》,由柴胡、黄芩、人参、半夏、甘草、生姜和大枣七味药材组成,广泛用于治疗多种疾病,研究表明,其在增强免疫、抗血管生成和抗感染与解热等方面疗效显著[7-9]。本研究应用机器学习和网络药理学筛选和预测小柴胡汤活性成分在治疗RA中的潜在靶点和信号通路,为探讨小柴胡汤治疗RA的作用机制提供分子基础,并为小柴胡汤抗RA药物的进一步发掘提供了理论依据。

    1 资料与方法

    1.1 药物成分获取与成分靶点搜集基于中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmaclogy Database and Analysis Platform,TCMSP)获取小柴胡汤的化学成分,认为口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%且类药性(drug likeness,DL)≥0.18的成分是活性成分。利用Swiss Target Prediction和HERB数据库预测活性成分靶点并合并两个数据平台靶点。

    1.2 GEO芯片下载与差异基因分析GEO(Gene Expression Omnibus)平台储存着大量测序芯片数据。我们利用R软件包GEOquery获取RA相关数据集GSE93272的表达谱和临床信息。运用R软件包limma对数据进行差异分析,|logFC|>0.3、P ......