基于多数据库筛选胃癌的自噬相关基因及预后预测模型的建立
线图,生存期,1资料与方法,1筛选人类ARGs集,2原始资料的下载与整理,3胃癌差异ARGs的筛选及GO功能和KEGG分析,4胃癌患者预后相关关键基因的筛选,5列线图的开发和评估,6统计学方法,2结果,1
罗志鹏 苗志国 金瑞日 魏海云1.江西省肿瘤医院腹部肿瘤外科,江西南昌 330029;2.南昌大学第一附属医院消化内科,江西南昌 330006
胃癌是消化系统常见恶性肿瘤之一,首诊多为进展期,预后较差,且生存期短[1]。胃癌个体差异大,同一分期预后也不尽相同,目前临床常用的肿瘤标志物不能准确反映患者预后,寻找更多的生物标志物来协助预测胃癌患者预后具有重要意义。自噬是通过与溶酶体融合吞噬分解细胞质蛋白或细胞器,达到细胞代谢及更新细胞器的目的[2],为体内重要的生物学过程,研究显示很多肿瘤的病理过程中都有自噬参与[3-4]。自噬还可能和肿瘤耐药有关[5],因此进一步明确自噬在肿瘤中的作用对提高肿瘤的诊疗水平有较大的帮助。目前,基于自噬相关基因(autophagy relative genes,ARGs)构建的预后模型已经应用于多种癌症[6-7],但关于胃癌ARGs预后模型仍较少。本研究通过多种数据库筛选得到胃癌ARGs,并应用COX及Lasso分析得到与胃癌患者预后相关的关键ARGs,建立预后预测模型,为胃癌患者提供新的预后预测方法。
1 资料与方法
1.1 筛选人类ARGs集
从人类自噬数据库(HADb,http: //autophagy. lu/clustering/index.html)和GSEA分子特征数据库(MSigDB,http//software. broadinstitute.org/gsea/msigdb)中获得805个ARGs。
1.2 原始资料的下载与整理
下载肿瘤基因组图谱数据库(TCGA,https: //portal.gdc.cancer.gov/)中STAD格 式 的RNAseq数据转录组和临床数据 ......
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