基于网络药理学和分子对接技术探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制
网络图,靶点,1材料与方法,1肾炎康复片活性成分获取及其基因靶点预测,2IgA肾病靶基因获取,3获取药物-疾病共同靶点基因,4构建蛋白质-蛋白质互作(protein-proteinintera
林雪萍 陈智鸿 滕 杰复旦大学附属中山医院厦门医院肾内科,福建厦门 361015
IgA 肾病是全球最常见的原发性肾小球肾炎,是导致终末期肾衰竭的主要原因之一[1]。50%的患者在诊断后25 年内进展为终末期肾病,给家庭和社会带来沉重的负担[2]。目前仍缺乏特异性和有效的治疗策略。肾炎康复片已成为治疗IgA 肾病的常见中药制剂,具有益气养阴、补肾健脾、清解余毒等功效[3],但肾炎康复片治疗IgA 肾病的机制尚未明确。本研究基于网络药理学探讨肾炎康复片治疗IgA 肾病的信号通路和作用靶点,通过分子对接分析验证,为肾炎康复片治疗IgA 肾病提供新证据。
1 材料与方法
1.1 肾炎康复片活性成分获取及其基因靶点预测
检索中药数据库TCMSP(https://www.tcmsp-e.com/tcmsp.php)和TCM-ID(https://bidd.group/TCMID/index.html),以同时满足口服吸收率≥30%和类药性≥0.18 为条件对肾炎康复片的活性成分及其对应的靶点信息进行检索,进一步使用Swiss Target Prediction(http://swisstargetprediction.ch/)扩大检索,筛选Probability ≥0.2 的靶基因。使用UniProt数据库规范统一基因靶点名称格式。
1.2 IgA肾病靶基因获取
以“IgA nephropathy”为检索关键词,通过GeneCards(https://www.genecards.org/)、Disgenet(https://www.disgenet.org/)和OMIM(https://omim.org/)数据库,检索IgA 肾病相关人类基因,GeneCards 和Disgenet筛选条件分别设置为Relevancescored ≥1.0、Score ≥0.1,将以上3 个数据库获得的基因合并汇总并去除重复基因。
1.3 获取药物-疾病共同靶点基因
应用Venny 2.1.0 线上作图平台(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)对肾炎康复片活性成分靶点基因与IgA 肾病相关人类基因进行交集 ......
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