(南方医科大学南方医院 广东 广州 510515)

    孙雅玲 陈龙华(通讯作者)

    1.背景介绍

    肾细胞癌简称肾癌，起源于肾小管上皮细胞，是泌尿系统常见的恶性肿瘤之一，其中肾透明细胞癌为最主要的类型，约占肾细胞癌的75%[1]。肾透明细胞癌起病隐匿，约30%患者诊断时已为晚期，失去手术机会，而肾透明细胞癌对于放疗及化疗均不敏感。目前临床应用中尚无可靠的诊断标记物，因此检测肾细胞癌差异表达基因，寻找分子诊断标记物及潜在临床治疗靶点具有重要意义。

    肾透明细胞癌的发生发展是一个多基因多步骤的过程，而高通量测序技术的发展及基因芯片的出现为研究肾透明细胞癌基因表达谱情况提供了基础。本研究利用GEO数据库中的肾透明细胞癌基因芯片进行生物信息学分析，以期获取肾透明细胞癌相关的关键基因，为后续寻找分子标记物及治疗靶点提供理论基础。

    2.材料和方法

    2.1 芯片数据获取

    从GEO中下载肾透明细胞癌基因表达谱芯片GSE46699，该芯片基于GPL571 平台([HG-U133_Plus_2]Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array)，共有130例肾透明细胞癌及正常肾组织样本，本研究选取其中32例非吸烟非肥胖肾透明细胞癌患者样本和28例非吸烟非肥胖正常对照样本进行分析。

    2.2 数据预处理与差异表达基因分析

    数据处理和分析使用R软件进行。对原始表达数据使用RMA算法进行标准化，使用“Limma”包筛选在肾透明细胞癌及正常肾组织中差异表达的基因，差异基因筛选标准：校正后P值(adjustP-value) < 0.05，|logFC|> 1。

    2.3 GO和KEGG分析

    通过DAVID数据库对差异表达基因在GO中注释其参与的生物学过程，并进行KEGG通路富集分析。以P<0.05作为显著性阈值。

    2.4 蛋白互作网络构建及枢纽基因筛选

    使用STRING数据库对差异表达基因对应蛋白质进行相互作用关系分析，以此构建蛋白互作网络图并用Cytoscape软件进行可视化 ......