基于分子对接的独活寄生汤治痿和治痹药效物质基础研究(2)

http://www.100md.com 2017年3月1日 《风湿病与关节炎》2017年第3期

     2.2 治痹、治痿靶标的选择 根据OA的发病机制[13-16]、治疗靶数据库(TTD)[17]、软骨退变临床表现为痿、骨质增生临床表现为痹[2]，确定与抗炎镇痛密切相关的治痹靶标环氧化酶-2(COX-2)，以及与延缓软骨退变密切相关的治痿靶标基质金属蛋白酶-13(MMP-13)。在RCSB Protein Data Bank上[18]，下载COX-2和MMP-13

    的蛋白质晶体结构，其代码分别为3MQE和3I7I，见图1。

    2.3 分子对接 独活寄生汤分子集配体与OA靶标的对接工作在DS 2.0中的LigandFit模块进

    行[19-20]。对接中，蛋白结构去溶剂、去配体、加氢处理后，以其所含的活性原配体来确定活性位

    点；在“Input Ligands”中输入DHJSD-bank.sd文件。使用蒙特卡罗方法对独活寄生汤化学成分配体进行构象采样、Dreiding力场下进行打分，保留得分最高的构象。对对接成功配体化合物的DOCK-SCORE进行排序[9]，寻找比原配体DOCK-SCORE高的化合物，视为独活寄生汤的药效成

    分[21-22]，从而得到独活寄生汤中治痹和治痿药效物质基础。

    3 结 果

    3.1 基于MMP-13和COX-2的分子对接 在DS的Ligandfit模块中 ......