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编号:13403236
基于GEO数据库分析类风湿关节炎的关键差异基因(2)
http://www.100md.com 2019年10月1日 《风湿病与关节炎》 2019年第10期
     题[10-11]。本研究通过分析GEO数据库中RA相关芯片,旨在探讨RA的关键差异基因,为治疗RA提供新的靶点,深入探讨其可能的发病机制。

    1 资料与方法

    1.1 资料来源 通过在NCBI的Gene Expression Omnibus(GEO)数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中检索RA相关数据,根据研究样本及研究方向最终确定编号为GSE55457的芯片。

    1.2 方 法

    1.2.1 GEO数据分析RA差异基因 从GEO数据库下载编号为GSE55457的芯片数据原始文件和GPL96-57554的芯片基因注释文件,该芯片数据的原始文件包含了33个滑膜样本,其中10个正常滑膜组织、10个骨关节炎滑膜组织和13个RA滑膜组织样本。

    利用R语言对芯片原始数据进行二次分析,利用robust multiarray average(RMA)算法进行背景校正和矩阵数据归一化处理,利用limma包分析芯片数据的差异基因,显著差异基因的筛选条件设定为P < 0.01,差异倍数(fold change,FC)> 2;运用plot包绘制芯片原始的火山图 ......
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