干燥综合征基因差异谱的生物信息学分析(2)
1.2 筛选pSS差异表达基因 在GEO数据库中下载基因芯片编号为GSE127952的原始数据文件和编号为GPL20995-16144的芯片注释文件。借助R软件筛选出差异表达基因并绘制火山图,筛选条件为P < 0.05、|log2FC|≥1.5(其中|log2FC|≥1.5为上调基因,|log2FC| < 1.5为下调基因)。1.3 PPI分析 将筛选出的差异基因导入STRING在线数据库,构建PPI关系网络(得分 > 0.4分),然后下载TSV格式的PPI数据包,运用Cytoscape软件对中心度值(Degree)≥10的基因进行可视化分析,利用插件CytoHubba分析获得前10个关键差异基因[4]。
1.4 差异表达基因的富集分析 借助DAVID分析平台对差异基因做基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用R软件对富集结果进行可视化处理。
2 结 果
2.1 差异基因的筛选 利用R软件分析pSS患者和健康人小唾液腺组织基因谱芯片,得到差异表达基因406个,包括上调基因226个和下调基因180个。绘制差异表达基因火山图,见图1。
2.2 构建PPI网络和筛选关键差异基因 利用STRING数据库对406个差异基因构建PPI网络 ......
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