方剂分类法则各异或在《医方集解》分类法的基础上加减，如卢朋著《方剂学讲义》；或按八法分类，如时逸人《中国处方学讲义》；或按疾病脏腑门分类，如王一仁《分类方剂学》；或按西医治法分类，如杨则民《方剂学》、陈永梁《新中医方剂学》；或自分门类，如王仲香《处方学讲义》将方剂分为治气、理血、太阳方总论，而包识生《伤寒方讲义》以主方、单方、偶方、复方、合方、加减方、六经方、六淫方等将方剂归类整理。

    方剂编排顺序差异各教材都将方剂分门别类加以排序，而其编排顺序差异较大，这往往体现了作者的学术思想，如王一仁《分类方剂学》提到，“脾胃为后天之本，故以脾胃门为端，次以阳虚、阴虚、痨瘵。人生于空气中，因饮食起居之失宜，又易受空气之毒，故以中风，伤寒……次之，又次以……”。

    方剂编排格式迥异传承类教材大多将具体方剂按项列出，包括某方的组成、主治、适应症、禁忌等；而汇通类教材则多将某类方剂按项列出，包括某类方剂的适应症、药理、禁忌等，具体方名仅一带而过；还有个别教材将法则按项列出，并不突出强调方名和药物组成等 ......