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编号:216617
鉴定鼻咽癌候选基因及信号通路的研究
http://www.100md.com 2021年7月22日 当代医药论丛 2021年第14期
蛋白质,1资料与方法,1鼻咽癌基因表达数据集,2整合高通量功能基因表达原始数据进行分析,3基因和信号途径富集分析,4蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),模块分析和重要候选基因的整合及途径鉴定,2结果,1鼻咽癌中DEGs的鉴
     郭恒臣,孙永刚,刘国良

    (1.海伦市人民医院耳鼻喉科,黑龙江 海伦 152300;2. 海伦市中医院麻醉科,黑龙江 海伦 152300)

    鼻咽癌(Nasopharyngeal carcinoma,NPC)是一种独特的、由鼻咽黏膜病变引起的头颈部鳞状细胞癌,多发生于咽隐窝。鼻咽癌与头颈部肿瘤具有相似的细胞或组织谱系,但其发生机制与头颈部肿瘤不同。鼻咽癌相对不常见。2018 年,全球约有129000 例鼻咽癌新发病例,占新发确诊癌症病例总数的0 ~7%[1]。鼻咽癌具有独特的发病地理格局。超过70%的鼻咽癌新发病例发生在东亚和东南亚。在中国,鼻咽癌的年龄标准化发病率为30/10 万[2]。而在美国和欧洲,鼻咽癌的年龄标准化发病率不到1/10 万[1,3]。男性鼻咽癌的发病率高于女性。鼻咽癌的发生与爱泼斯坦- 巴尔病毒(EBV)感染、遗传易感性和环境因素等多种危险因素相关[4-7]。与未分化癌相关鼻咽癌的发展需要EB 病毒(Epstein-Barr virus,EBV)的参与。鼻咽癌的发生机制一直没有得到很好的阐述。近年来,国际科研机构对肿瘤疾病进行大规模基因表达谱研究[8],获得了一定数量的肿瘤学基础研究数据。整合生物信息学方法与表达谱分析技术分析处理这些临床研究数据,可以更好地探讨鼻咽癌发生、发展的基础机制,为鼻咽癌的医学研究提供有价值的线索。

    1 资料与方法

    1.1 鼻咽癌基因表达数据集

    从Home-GEO-NCBI 网 站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 下 载 鼻 咽 癌(Nasopharyngeal carcinoma,NPC)组织Expression profiling 表达数据。实验样品由121 例样本组成(GSE12452、GPL570 实验平台的41 例样本,于2019 年3 月25 日 公 开;GSE13597、GPL96 实 验平台的28 例样本,于2018 年8 月10 日公开;GSE53819、GPL6480 实验平台的36 例样本,于2019 年8 月1 日公开;GSE64634、GPL570 实验平台的16 例样本,于2019 年3月25 日公开;合计86 例肿瘤样本,35 例对照样本)。

    1.2 整合高通量功能基因表达原始数据进行分析

    用Bioconductor 软件包及GEO2R/GEO query 处理四个芯片数据 ......

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