多组学分析LARP1在泛癌中的表达及其与患者预后、肿瘤微环境的关系
检查点,甲基化,淋巴细胞,1资料与方法,1基于TIMER数据库分析LARP1在肿瘤组织中的表达谱,2不同肿瘤组织中LARP1蛋白的表达水平以及启动子甲基化水平,3LARP1基因在肿瘤中的改变情
刘 鑫,胡福境,苏 颖,曾毅飞,潘芳莲,覃桂聪(广西医科大学附属武鸣医院消化内科,广西 南宁 530199)
RNA 结合蛋白(RBP) 具有高度动态的时空调控作用和重要的生物学功能,它们通过转录后控制RNA 的加工和运输,包括调节RNA 剪接、聚腺苷酸化、mRNA 稳定性、mRNA 定位和翻译,对维持转录组稳定至关重要[1]。人类RBPs 约有2000 种,占蛋白质编码基因的7.5%。越来越多的研究表明,RBPs 介导的RNA 修饰在癌症进展中具有重要作用,它们可在不同类型的癌症中异常表达,同时可调节癌基因和抑癌基因的表达和功能[2]。La 相关蛋白1 (LARP1) 是一种进化保守的RNA 结合蛋白,属于LARP 超家族的一员。它在果蝇体内首次被发现,被证明可与聚腺苷酸结合蛋白(PABP) 结合,是胚胎发育和生育所必需的RNA 结合蛋白。研究表明,LARP1 是哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR) 通路与TOP mRNA 调控之间的重要的链接蛋白,是mTORC1 的底物,通过它的多个结构域如LaM、RRM-L、PABP 结合域、DM15 域的mRNA 结合,既可以调节以5′末端寡核苷酸( 5′TOP)基序为特征的mRNA 的稳定性和转译,也可与某些5′TOP mRNA 的3′ 端多聚A 尾结合调节mRNA 的功能[3]。在宫颈癌、乳腺癌、肝癌、肺癌等多种癌症中,LARP1 的高表达与临床转归之间的关系密切[4-6]。虽然研究表明LARP1 在多种肿瘤中均有促癌的作用,但目前仍缺乏它在泛癌中作用及相关机制的分析。因此,本研究运用多种数据库对LARP1 的功能进行了系统分析,利用多组学数据证明LARP1 是影响患者肿瘤发生和临床预后的关键分子,也是泛癌微环境中的关键调控因子。
1 资料与方法
1.1 基于TIMER 数据库分析LARP1 在肿瘤组织中的表达谱
TIMER 2.0(http://timer.cistrome.org/)是一个分析各种癌症中免疫细胞浸润的在线资源数据库。该数据库采用反卷积方法作为统计方法,可从基因表达谱中推断肿瘤组织中免疫细胞的浸润丰度。本研究主要是应用Cancer Exploration 模块中的 Gene_DE 模块分析LARP1 在33 种TCGA 数据库肿瘤组织中的表达。
1.2 不同肿瘤组织中LARP1 蛋白的表达水平以及启动子甲基化水平
应用UALCAN 数据库(http://ualcan.path.uab.edu/)分析LARP1 在乳腺癌 (BRCA)、卵巢癌 (OV)、结肠癌(COAD)、肾透明细胞癌(KIRC)、子宫内膜癌(UCEC)和肺腺癌 (LUAD)组织中的表达情况及甲基化情况 ......
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