红树植物秋茄ISSR条件的优化
条带,1材料和方法,2结果和讨论
章宏琼,杨娟,周云,宋佳楠,朱忆思梦,施孟如,张洪勤(温州医学院,浙江 温州 325035,1.仁济学院;2.生物学实验教学中心)
红树植物秋茄ISSR条件的优化
章宏琼1,杨娟1,周云1,宋佳楠1,朱忆思梦1,施孟如2,张洪勤2
(温州医学院,浙江 温州 325035,1.仁济学院;2.生物学实验教学中心)
目的:探讨红树植物秋茄简单序列重复区间扩增多态性分子标记(ISSR-PCR)分析的最优条件,以获得清晰、重复性好的简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)扩增结果。方法:对ISSR-PCR多个条件中的单个条件包括DNA的提取、模板浓度、Taq酶的选择与用量、Mg2+和三磷酸脱氧核糖核苷酸(dNTP)浓度等进行了比较、优化。结果:从单条件中得出每个条件的最优条件,从而获得清晰、重复性高的电泳图谱。结论:秋茄ISSR-PCR分析最适宜的扩增条件为:25μL PCR反应体积中,0.75~1.0 U Taq DNA聚合酶,0.8μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTP,2.0~2.5 mmol/L MgCl2,40 ng/μL模板DNA。
红树科;秋茄;简单序列重复区间;条件优化
红树林是处于亚热带、热带海洋与陆地过渡带的特殊生态系统,是海岸带的生态关键区,具有抵抗海啸和台风、调节区域气候、维护生物多样性等重要生态功能[1]。秋茄(Kandelia candel)是我国分布最广的常见红树植物,其天然分布最北至福建福鼎市,人工种植最北至宁波象山港,全世界最北分布的红树植物也是秋茄[2]。
简单序列重复区间扩增多态性(inter-simple sequence repeat,ISSR)DNA分析由Zietkiewicz等[3]于1994创建,是建立在PCR反应基础上的一种新的分子生物学技术,它把随机扩增多态性DNA分子标记(random amplified polymorphic DNA,RAPD)和微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)的优点相结合,不但具有RAPD所需DNA量少、操作简单、不需预知研究对象的基因组序列等优点,而且具有SSR的稳定性[4]。因此,ISSR近年来已迅速应用于遗传多样性的研究、种质资源研究和品种鉴定,成为构建遗传图谱的重要工具之一[5-6]。尽管ISSR扩增技术原理简单,但由于PCR条件的变化,往往会出现不同的扩增结果,其影响因素主要有:Mg2+的浓度、三磷酸脱氧核糖核苷酸(dNTP)浓度、Tag酶和DNA模板的浓度 ......
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